Výskumy poukázali na rapídny úbytok taxónov rastúcich na všetkých druhoch podkladov.

Faktory ohrozenia Následky
Imisie z lokálnych a stredne vzdialených zdrojov, diaľkové imisie zvyšovanie koncentrácií SOx, NOx v atmosfére
Metódy moderného poľnohospodárstva eutrofizácia až hypereutrofizácia substrátov dusíkatými a fosforečnými priemyslovými hnojivami, fekáliami zo živočíšnej veľkovýroby
Metódy moderného lesníctva ničenie podkladov (holoruby, likvidácia solitérov, alejí, skupín stromov)
Rozvoj motorizmu zvýšené množstvo škodlivín, ktorých kumulovaný účinok tunelového efektu ohrozuje najmä úzke horské doliny
Rozvoj turistiky, masovej rekreácie a športu mechanické zošľapávanie vegetácie, nitrifikácia stanovíšť v blízkosti turisticky exponovaných miest
Exploatácia lišajníkov zber rastlín na ekonomické, farmaceutické a vedecké účely

Existuje viacero dôvodov, prečo sú lišajníky tak mimoriadne citlivé na zhoršené životné prostredie. V stručnosti sa dajú zhrnúť do nasledujúcich bodov:
 lišajníky nechráni nepriepustná ochranná vrstva, nefiltrovanú vodu a plyny z ovzdušia prijímajú celým povrchom tela
 akumulujú v stielkach veľké množstvo škodlivín, ktorých nie sú schopné sa zbaviť
 majú malú regeneračnú schopnosť, pretože rastú veľmi pomaly
 najaktívnejšie asimilujú v období od jesene do jari, keď je najvyššia vlhkosť vzduchu, ale aj najvyššia koncentrácia oxidu siričitého v ovzduší
 epifyty rastúce na kmeňoch stromov atakujú imisie z obrovskej listovej plochy celého stromu
 najzávažnejšia je porucha rovnováhy medzi riasovou a hubovou zložkou lišajníkov zapríčinenou znečisteným. Pri nej sa znemožňuje vzájomná výmena látok a v konečnom dôsledku dochádza k odumretiu rias a rozpadu celého organizmu.

4.3.4 Druhová ochrana

Legislatívna ochrana jednotlivých druhov lišajníkov v Európe je zatiaľ ojedinelá, aj keď prvý podnet k nej zadal už v tridsiatich rokoch nášho storočia poľský lichenológ Motyka.
Na Slovensku boli donedávna chránené zákonom. Dlhé roky sa nedarilo doplniť starú vyhlášku o bezcievnaté rastliny, aktualizácia sa uskutočnila až v roku 1999. Od tohto roku je na našom území chránených aj 20 nápadných, makroskopicky ľahko poznateľných lišajníkov s výraznou ústupovou tendenciou.
Podstatnou súčasťou ochrany lišajníkov je ochrana ich stanovišťa. Lišajníky nemožno totiž pestovať v botanických záhradách alebo uchovávať v banke semien. Ostáva preto iba snaha o ich ochranu in situ – na danom mieste. Špeciálne plochy, chránené z dôvodov výskytu lišajníkov v Európe donedávna vôbec neexistovali. Až v roku 1994 zriadili prvú takúto prírodnú rezerváciu.
Najlepšie možnosti na prežívanie lišajníkov sú vo veľkoplošných chránených územiach, ktoré sú menej postihnuté imisiami. Tu by sa mali zriaďovať chránené náleziská alebo priamo rezervácie lišajníkov resp. nižších rastlín. Zároveň by sa malo pristúpiť k zavedeniu viacerých opatrení, ktoré by zvýšili existenčné možnosti lišajníkov.
Pri snahe o zachovanie lišajníkov by sme mohli použiť aj niektoré netradičné metódy. Napr. reintrodukcia niektorých druhov na lokality, kde už vyhynuli, metaplantáciu – prenesenie epifytov do novovybudovaných skanzenov na drevené strechy, plota atď.