Kvôli obtiažnosti odstraňovania dusičnanov z pitných vôd sa označuej dusičnanový problém za nejväčšiu pohromu vo vodárenstve od dôb, kedy bol dezinfekciou vyriešený problém prenosu infekčných chorôb vodou. Zdravotné nebezpečenstvo dusičnanov (NO3-) vyplýva z možnosti ich bakteriálnej redukcie v zažívacom trakte človeka na toxické dusitany (NO2-). Dusitany se zlučujú v žalúdku so sekundárnými amínmi prinášenými potravou na karcinogenne N-nitrosoaminy. Štatisticky bola dokázaná závislosť zvýšeného výskytu rakoviny pečene, žalúdku, hrubého čreva a močového mechúra na obsahu dusičnanov vo vode. V prípade tzv. dusičnanovej alimentárnej methemoglobinaémii (DAM) kojencov dochádza k tomu, že dusitany reagujú s krevným farbivom hemoglobínom na methemoglobín, ktorý nie je schopný prenášať kyslík. Kojenec je tak môže udusiť, podobne ako pri otrave oxidom uhličitým, náchylní sú kojenci do troch mesiacov veku,ich krv totiž obsahuje tzv. fetálný hemoglobín, ktorý ľahšie reaguje s dusitanmi než hemoglobín A, nachádzajúci sa v krvi starších kojencov, detí a dospelých.Okrem toho enzymatický systém najmladších kojencov nie je dostatečně vyvinutý. Za štatisticky bezpečnú koncentráciu dusičnanov ve vode z hľadiska prevencie DAM sa považuje 15 mg/l NO3-.Norma pre pitnú vodu doporučuje koncentráciu dusičnanov do 15 mg/l NO3- a ako medznú najvyššiu hodnotu určuje 50 mg/l NO3-. Pitná voda však ni je jediným zdrojom dusičnanov v ľudskej výžive. Dusičnany se vyskytujú i v potrave, zvlášť v zelenine.
Pri rozklade organickyých látok sa primárne uvolňuje amoniakálny dusík, ktorý sa postupne počas nitrifikácie oxiduje na dusitany až dusičnany. Dôkaz amoniakálneho dusíka v podzemných vodách indikuje čerstvé znečistenie naviac aj skutočnosť, ze k infekcii došlo z blízkeho zdroja, pretože ióny amoniakálneho dusíka sú značne zadržiavané sorpciou v pôdnom komplexe. Vytvára sa ale aj rozkladom organických látok rastlinného pôvodu alebo sa môže v podzemných vodách vytvárať redukčnými cestami z vyšších oxidačných stupňov dusíka (napr. vo vodách z rašelinísk alebo v železnatých pôdach). Zdrojom amoniakálneho dusíka možu byť aj vody z polí, ktoré sú hnojené dusíkatými hnojivami. Značnú indikačnú hodnotu fekálneho znečistenia majú dusitany, ktoré vznikajú z amoniakálneho dusíka nitrifikáciou. Rýchlo sa oxidujú, pôdou sú značne zadržiavané a ich prítomnosť tiež svedčí o nedostatočnej pôdnej filtrácii.
Dusičnany ako konečné produkty nitrifikácie sa už neradia medzi indikátory fekálneho znečistenia.