Počet mezofilných mikroorganizmov indikuje znečistenie vody mikroflórou teplokrvných živočíchov, teda aj ich patogénov. Najpresnejším mikrobiologickým indikátorom fekálneho znečistenia sú mikroorganizmy čelade Enterobakteriacae žijúce v črevnom trakte. Typický je nález E. coli, najpočet-nejšieho a prirodzeného zástupcu čevnej mikroflóry. Fekálne znečistenie sa vystihuje bakteriologickým stanovením "koliformných bakterií", Zo zdravotne-hygienického hľadiska je dôležité, že takto kontaminovaná voda môže byť zdrojom prenosu a šírenia infekčných a parazitárnych chorôb.
Špecifickú indikačnú hodnotu majú fekálne streptokoky,ktoré sú izolované z vody. Indikujú čerstvé fekálne znečistenie, pretože sú vo vonkajšom prostredí veľmi málo
rezistentné. Fekálne znečistenie indikuje aj nález niektorých chemických látok, ktoré patria medzi rozkladné produkty organických zlúčenín živočíšneho pôvodu a to amoniakálny
dusík, dusitany, fosforečnany, sulfát a jeho iónové formy.
Zaraďujeme sem aj ďalšie anorganické látky, napr. chloridy, ktoré pochádzajú z moča, ale aj niektoré špecifické organické látky charakteristické pre organizmus ako urochróm, steroidy a močovú kyselinu, ktoré špecificky indikujú fekálne znečistenie.

Chemické indikátory sú vyznamné tým, že indikujú fekálne znečistenie aj po dezinfekcii týchto vôd.Takto získané nálezy môžu byť skreslené pri posúdení aj spätnými reakciami, ktoré sa v prírode bežne vyskytujú.
Fosforečnany :
patria medzi významné indikátory fekálneho znečistenia, ak sú organického pôvodu. Moč obsahuje fosforečnany vo veľkej koncentrácii. Fosforečnany anorganického pôvodu, ktoré sa do pôdy dostávajú z hnojív indikačnú hodnotu strácajú. Fosforečnany sa sorpciou a chemickými reakciami značne zachytávajú v pôde.