Jednou z významných zmien bola úprava atmosféry vo veliteľskej kabíne. Na štartovacej rampe malo byť v kabíne 40 % dusíka a 60 % kyslíka a až po dosiahnutí obežnej dráhy ju mal pomaly naplniť čistý kyslík. Nový bol aj poklop vstupného otvoru, ktorý sa dal zvonku i zvnútra zatvoriť počas krátkych piatich sekúnd. Bezpečnostné úpravy a opatrenia sa logicky rozšírili i na lunárny modul, ako aj na osobnú výbavu posátky. Napríklad nylonovú vonkajšiu vrstvu skafandrov nahradili anorganické látky, ktoré v prípade požiaru neprodukovali toxické plyny. Zmeny boli i v personálnom obsadení na najvyšších miestach NASA, napríklad aj vo vedení firmy Noth American. Náprava a obnova trvali 14 mesiacov. Smutné bolo aj ďalšie memento, že na človeka v kozme číha nebezpečenstvo. O necelé tri mesiace totiž po trojici z Apolla zahynul sovietsky kozmonaut Vladimir Komarov pri skúške novej lode Sojuz 1.