Jupiter je prevažne kvapalné teleso s pevným jadrom a atmosférou. Atmosféru tvorí plynný vodík a hélium, pod ňou sa nachádza kvapalná oblasť tvorená tekutým vodíkom a héliom. Jadro je pravdepodobne tvorené horninami a vodíkovým ľadom. Znamená to teda, že stavba Jupitera je úplne odlišná od terestrických telies ale aj od Slnka akokoľvek sa svojimi parametrami skôr blíži k hviezdam.
Naopak je veľmi pravdepodobné, že chemickým zložením sa Jupiter Slnku veľmi podobá. Pôvodná hmlovina, z ktorej vznikli planéty, mala určite vysoký obsah vodíka a hélia; ťažšie prvky boli v nej zastúpené v oveľa menšej miere. Dnešný pomer napr. pri terestrických telesách je však úplne odlišný, čo je možné pripísať jednak diferenciácii hmloviny a jednak tomu, že malé telesá ako Zem neboli schopné dlhodobo si udržať najľahšie prvky, teda najmä vodík. Naproti tomu Jupiter je masívny a má teda natoľko intenzívne gravitačné pole, že straty väčšiny zložiek boli po celých 4,6 miliardy minimálne. Dnešné zloženie Jupitera sa teda zrejme značne podobá zloženiu pôvodnej hmloviny.
Táto úvaha je podložená aj ďalšou okolnosťou. Jupiter má asi 1000krát väčší objem ako Zem, ale jeho hmotnosť je iba 318krát väčšia. To znamená, že hustota planéty je nižšia ako hustota Zeme, iba asi 1,33 g.cm-3. Preto musia prevažovať ľahké prvky, najmä vodík a hélium. Pre vytvorenie zodpovedajúceho modelu Jupitera je potrebné poznať pomer medzi týmito prvkami. Merania prevedené medziplanetárnymi sondami ukazujú, že tento pomer zhruba odpovedá pomeru na Slnku – jeden atóm hélia na desať atómov vodíka. Aj keď poznáme tento fakt, nie je ľahké dospieť k vhodnému modelu, pretože zatiaľ nie je dokonale známe správanie zmesi vodíka a hélia pri extrémnych tlakoch a teplotách aké sú vo vnútri Jupitera. Nízka hustota a rýchla rotácia (najrýchlejšia v slnečnej sústave) je príčinou výrazného sploštenia. Podľa posledných meraní vychádza rovníkový polomer planéty na 71 400 km a polárny polomer 67 000 km. Sploštenie na póloch teda vychádza na 4 400 km, čo je v porovnaní so Zemou hodnota veľmi vysoká. Pre porovnanie: tvar Zeme a Jupitera by sa dal vyjadriť ako elipsoid. Potom pre Zem platí hodnota numerickej excentricity 0,081082 a pre Jupiter 0,443330. Sploštenie je však dané okrem iného rozdielnou hustotou vnútri planéty; toto rozdelenie sa musí nutne prejaviť aj na vonkajšom gravitačnom poli. Potom je detailné štúdium gravitačného poľa Jupitera jedným z nástrojov pre zistenie vnútornej stavby planéty.
Názory na vnútornú stavbu sa v minulosti značne líšili.