Vzhľad polárnych oblastí pripomína granuláciu slnečného povrchu a možno sa domnievať, že podobnosť nie je náhodná – v oboch prípadoch ide o výsledok konvekcie – prenos tepla. Z pozemských pozorovaní nebolo možné spoľahlivo stanoviť prevládajúce farby jednotlivých útvarov na Jupiteri – v ďalekohľade pripomína obraz Jupitera skôr čiernobielu snímku. Farebné snímky urobené sondami však ukázali, že Jupiter je nesmierne farebný. Pre svetlé pásma sú typické odtiene od čisto bielej až po tmavo žltú, pásy vykazujú celú radu odtieňov červenohnedej.
Pri pohľade zblízka sa tiež ukázalo, že pre povrch planéty sú typické nielen pruhy ale tiež rad najrôznejších oválnych škvŕn, vírov, slučiek a nepravidelných útvarov, ktoré hýria širokou škálou farieb od bielej cez hnedočervenú až po červenú. Najznámejšia z pozemských pozorovaní je Veľká červená škvrna nachádzajúca sa z väčšej časti v južnom tropickom pásme, ktorá sa vyznačuje nápadnou červenou farbou. Tento útvar pozoroval už v roku 1665 Cassini, čo znamená, že škvrna zotrváva na tom istom mieste najmenej posledných 300 rokov. Má stálu šírku, asi 14 000 km, ale jej dĺžka sa pohybuje medzi 30 000 a 40 000 km v perióde niekoľko rokov.
Problém vysvetlenia vzniku Veľkej červenej škvrny trápi astronómov už mnoho rokov. Jedným z možných vysvetlení bola hypotéza, že škvrna je akousi stabilnou vlnou v atmosfére, ktorá sa vytvára pri prechode atmosférických prúdov nad nejakou vyvýšeninou, teda vzdialenou obdobou jedného typu pozemského horských mračien. Ak však prijmeme kvapalný model, na ktorom nemôžu byť žiadne vyvýšeniny ani depresie, je táto hypotéza vylúčená. Pravdepodobnejšia je predstava, že Veľká červená škvrna je cyklonálna porucha, teda obdoba pozemských hurikánov. Na Zemi si cyklóny zachovávajú svoju intenzitu v dobe, keď sa pohybujú nad morom. Jupiter žiadne pevniny nemá, a preto by na ňom cyklón mohol pretrvávať veľmi dlhú dobu. Naviac je možné, že časová stabilita podobnej poruchy je funkciou jej rozmerov. Nezanedbateľnou okolnosťou môže byť to, že Veľká červená škvrna je v takej jovigrafickej šírke, ktorá môže byť oblasťou hurikánov. Sondy Pioneer tiež ukázali, že Veľká červená škvrna je výnimočná iba svojou obrovskou rozlohou. Na povrchu planéty bolo objavených niekoľko ďalších podobných ale menších útvarov. Vcelku je nespochybniteľné, že v atmosfére Jupitera, napriek jej zloženiu a hustote, čím sa absolútne nepodobá atmosfére zemskej, prebiehajú mnohé deje analogicky. Napríklad cyklonálne poruchy poznáme z troch planét – Zem, Jupiter a dokonca aj Mars. Intenzita a rozmery sú na Jupiteri podstatne vyššie.