Odpovedajúci model dejov v atmosfére však vytvorený doteraz nebol.
Ďalšou zvláštnosťou atmosféry je jej farebnosť. Snímky sond priniesli veľké prekvapenie. V ovzduší planéty bolo najskôr dokázaných päť zložiek – vodík, hélium, amoniak, metán a vodné pary. Všetky tieto plyny sú však bezfarebné. Musia byť preto prítomné iné zložky, ktoré zabezpečujú túto farebnosť. Možnými kandidátmi sú: sulfidy amoniaku, voľné radikály, rôzne organické zlúčeniny a komplexné anorganické polyméry. Všetky tieto látky môžu vznikať vo vyšších vrstvách atmosféry. Problém je však v tom, že musia vznikať rýchle a vo veľkých množstvách. Vzhľadom k intenzívnej konvekcii sú strhávané do nižších vrstiev, kde sa vplyvom vyššej teploty rozkladajú. Tento úbytok musí byť neustále nahradzovaný; konečné vysvetlenie zatiaľ nie je známe.
Už dlhšiu dobu je známe, že Jupiter má veľmi silné magnetické pole. Jeho indukcia na hranici oblačnej vrstvy kolísa od 3.10-4 do 14.10-4 T ( na povrchu Zeme od 3.10-4 do 0,8.10-4 T ). Vyššia hodnota je pritom pri póloch. Toto pole má do vzdialenosti troch polomerov vzhľad klasického magnetického dipólu. Nad touto hranicou sa situácia podstatne mení. Sondy zistili kvadrupólové a oktupólové momenty, tj. charakteristické prvky pre magnetické pole so štyrmi resp. ôsmymi pólami. Je pravdepodobné, že ich vznik súvisí s pohybmi kovového vodíka. Ich štúdium je však obtiažne, pretože ich intenzita klesá so vzdialenosťou rýchlejšie ako pri dipóle ( pri dipóle s treťou mocninou, ale pri kvadrupóle s štvrtou a pri oktupóle dokonca s piatou mocninou vzdialenosti ). Magnetosféra je výrazne ovplyvňovaná rýchlou rotáciou planéty. Okrem toho tu pôsobí interakcia magnetického poľa so slnečným vetrom a ďalej s niektorými najbližšími mesiacmi. Hranica, kde je tlak slnečného vetra v rovnováhe s tlakom magnetosféry a magnetickej plazmy, sa nazýva magnetopauza. Keďže je rýchlosť slnečného vetra vzhľadom k Jupiteru nadzvuková, vytvára sa nad magnetopauzou rázová vlna. Z tejto oblasti tiež vychádza kozmické žiarenie Jupitera. Celkový tvar magnetosféry Zeme a Jupitera je veľmi podobný. V prípade Zeme sa magnetopauza vytvára vo vzdialenosti 70 000 až 80 000 km, zatiaľ čo u Jupitera je to takmer 100-krát ďalej. Tento rozdiel sa vysvetľuje vyššou intenzitou magnetického poľa Jupiteru a nižšou intenzitou slnečného vetra v jeho oblasti ( intenzita klesá s druhou mocninou vzdialenosti ).
Sondy tiež odhalili, že Jupiter je obklopený prstencami. Sú oveľa subtílnejšej stavby ako má napr. Saturn. Sú tlsté asi 30 km a široké celkom 8 000 km a ležia vo vzdialenosti asi 1,8 polomeru planéty.