Problémy s počítačom lunárneho modulu aj pri lete Apolla 14 si vyžiadali vytvorenie , vyskúšanie a zavedenie celkom nového programu v krátkom čase, dokonca niekoľko hodín pred plánovaným pristátím na Mesiaci. Najväčšia previerka účinnosti spolupráce medzi riadiacim strediskom a kozmonautmi sa však celkom neplánovane uskutočnila pri lete Apolla 13, ktorý sa začal 11 apríla 1970. Stalo sa to po dvoch pokojných dňoch na translunárnej dráhe a krátko potom, čo pracovník riadiaceho strediska, ktorý zabezpečoval spojenie s posádkou, povedal kozmonautom : ,, Čo sa týka nás, kozmická loď je v skutočne dobrom stave.Tu dole je nuda na zbláznenie.“ …vzápetí nastal výbuch ,pilot veliteľskej sekcie Jack Swigert vyslovil vetu, ktorá sa neskôr preslávila : ,, Houston, máme problém!“Až neskoršie skúmania ukázali, že kyslíková nádrž palivových článkov v pomocnej sekcii spadla počas montáže vo výrobnom závode montérovi z pracovného stola na zem.
Zrejme toto zapríčinilo netesnosť príruby , čo sa následne prejavilo problémami pri predštartových prípravách na kozmodrome. Odtiaľ sa odvinula reťaz ďalších osudových chýb až k dramatickému zlihaniu techniky v kozme a k výbuchu, ktorá bezmála zavinila katastrofu celej výpravy. Išlo len o súčiastku za necelých 70 dolárov. Po výbuchu klesla elektrická energia zhruba na polovicu , nikto nevedel aké škody v pomocnej sekcii vznikli.

Zo všerkého najhoršie bolo, že explózia nastala po korekcii dráhy letu a Apollo 13 už neletelo po pôvodnej dráhe, odkiaľ by sa po pasívnom oblete, ľahko vrátilo na Zem, ale po takzvanej hybridnej dráhe, na ktorej by Zem minulo vo vzdialenosti väčšej než 5 000 km. Kozmonauti i riadiacie stredisko zhodne vyhlásili, že lunárny modul sa pre ďalšie chvíle stane ,,záchranným člnom“, pretože vo veľitelskej kabíne museli šetriť so zásobami elektrickej energie. Trojica kozmonautov trávila väčšinu času v tesnom priestore lunárneho modulu
( veľitelskú loď pomenovali Odisseus a lunárny modul Aquarius ), pretože vo veliteľskej kabíne začala byť zásluhou úsporného režimu značná zima ( príkom elektrického prúdu stále klesal, a tak kozmonauti nakoniec veliťelskú kabínu odpojili z činnosti, tiesnili sa v lunárnom module a radšej sa ani nepozerali na teplomer ,ktorý ukazoval nanajvýš 11°C ). V systéme regenerácie ovzdušia v module sa míňali zásoby hydroxidu litného, určené iba na tri dni pre dvoch kozmonautov pri ich pristátí na Mesiaci. S pobytom troch kozmonautov module na dlhší čas totiž nikto nepočítal. K dispozícii boli iba náhradné zásobníky hydroxidu pre skafandre, ktoré sa však do sistému modulu svojimi rozmermi nehodili. V riadiacom stredisku však prišli na riešenia a vysvetlili posádke ako postupovať.

Pomocou lepiacej pásky chladiacej bielizne zo skafandru, plastikových vrecúšiek a lepenky vyrobili kozmonauti akýsi rukáv, v ktorom bolo možné použiť absorbent z veľitelskej sekcie. Kozmonauti konštatovali že to bolo rovnaké ,,akoby stavali model lietadla“. Zostávalo vyriešiť problém s návratovou dráhou. Bolo jasné, že nie je možné použiť hlavný motor v pomocnej sekcii, a tak znova pomohol Aquarius. Jeho pristávací motor, ktorý mal pôvodne dopraviť Lovella a Haisa na mesačný povrch, zmenil nenávratovú dráhu opäť na návratovú , aby kozmická loď po jednoduchom oblete okolo Mesiaca vo výške 200 km zamierila k Zemi. Riadiace stredisko odovzdalo posádke nevyhnutné pokyny a iba päť hodín po dramatickej explózií sa na 35 sekund zapálil brzdiaci motor lunárneho modulu. Po druhý raz sa potom zapálil po oblete Mesiaca, aby sa Apollo 13 vracal na Zem rýchlejšie. Kozmonauti mali svoju loď orientovať podľa hviezd, no ich pozorovanie bolo takmer nemožné pre značné množstvo najrôznejších trosiek z explózie, ktoré sprevádzali loď na jej ceste. Riadiace stredisko prišlo s nápadom využiť na orientáciu Slnko. Na jeho ostré svetlo totiž trosky nemohli pôsobiť.