Jupiter je najväčšou planétou slnečnej sústavy, väčšie je už len Slnko. Planéta má 1130krát väčší objem ako Zem a je 813krát ťažší. Pri formovaní Slnečnej sústavy mal 10krát väčší objem ako v súčasnosti, zahrieval sa gravitačnou kontrakciou a pripomínal novú vznikajúcu hviezdu. Jadrové reakcie vo vnútri Jupitera sa však nedokázali udržať, tak ako je to pri Slnku. Ak by sa to nestalo, Jupiter by sa stal dvojhviezdou a slnečná sústava by bola podstatne iná ako ju poznáme dnes. Postupne sa planéta zvraštila, znížil sa jej jas. Teraz však tiež zo svojho vnútra vyžaruje rovnaké množstvo energie ako príjíma zo Slnka. Veľmi silné magnetické pole Jupitera viedlo k domnienke, že planéta má železné jadro.

Po rozsiahlych výskumoch sa však zistilo, že centrum magnetického poľa je od stredu planéty vzdialené 10 000 km a je odklonené o 11° od rotačnej osi. Tento bod je tiež stredom Jupiterovej magnetosféry. Tá siaha do vzdialenosti 10 miliónov kilometrov. Približne v polovičnej vzdialenosti má magnetosféra najväčšiu teplotu, asi 17krát viac ako v strede Slnka. Jupiter ako aj ostatné vonkajšie planéty je tvorený prevažne z plynu a kvapalín, najmä z vodíku a hélia (podobne ako Slnko). Ak by mal pevné jadro, pravdepodobne by nebolo väčšie ako Zem. Nad ním by sa vyskytovala viac ako 6000 km hrubá vrstva ľadu, ktorý by sa tu udržal v pevnom skupenstve nie vďaka nízkym teplotám (Jupiter je naopak známy svojou vysokou teplotou) ale kvôli obrovskému tlaku. Značnú časť planéty tvorí roztavený kovový vodík. Nad touto vrstvou sa nachádza prechodová zóna prechádzajúca do vrstvy tekutého molekulárneho vodíku. Jupiter je charakteristický svojimi farebnými búrkovými mrakmi, tvorenými v troposfére. Predpokladáme, že nižšie mraky sú podobne ako na Zemi tvorené vodnou parou. Ešte väčšia oblačnosť je tvorená síranom amónnym, v ešte väčších výškach už len čistým čpavkom.

Asi 60 km nad najvyššou vrstov mrakov sa nachádza troposféra, ktorá plynulo prechádza do stratosféry, kde sa teploty pohybujú okolo -–100°C . Vo vyššej vrstve – ionosfére teplota však opäť vzrastá. Atmosféra je zložitý systém s dobre viditeľnými horizontálnymi pásmi. Najvýraznejším útvarom na Jupiteri je tzv. Červená škvrna. Jedná sa o tehlovo-červený útvar, ktorý je asi 3krát väčší ako Zem. Je považovaná za systém s vyšším tlakom ako okolie a pripomína obrovskú búrku. Vyskytuje sa vo väčších výškach a nižších teplotách ako má väčšina Jupiterovej oblačnosti. Veľká červená škvrna je takmer určite vyústenie nejakého prúdenia plynu, ktorý vystupuje do veľkej výšky z hlbín Jupiterovej atmosféry, ale prúdenie hmoty od škvrny je nepatrné. Búrka, ktorá trvá už viac ako 300 rokov však mení svoju intenzitu. Pre tropický pás Jupitera sú charakteristické útvary v pravidelných vzdialenostiach. Na severnej pologuli sa vyskytujú aj malé hnedé búrky, ktoré rotujú obrovskou rýchlosťou v protismere hodinových ručičiek. Tieto útvary sa spájajú a rozpájajú. Najväčšia aktivita v Jupiterovej oblačnosti je v oblasti okolo Veľkej červenej škvrny. Čas od času sa na jej okraji objaví pruh bielych mrakov.

Po prelete sondy Voyager sa zistili aj výrazné prstence Jupitera, ktoré sú však omnoho menej viditeľné ako pri Saturne, sú však veľmi tenké a úzke.