Pred naplnením kolón sa kónické dno upchá kúskom vaty, aby adsorbent alebo nosič nevypadával z kolóny. Ak je kolóna vybavená fritou, nie sú tieto úpravy potrebné.
Chromatografická kolóna sa môže plniť dvojako:

a/ za sucha: Kolóna sa naplní asi do dvoch tretín elučným činidlom, potom sa do nej pomaly rovnomerne sype suchý adsorbent, pričom elučné činidlo pomaly odteká cez kohút.
b/ za mokra: Adsorbent sa suspenduje v elučnom činidle a v takejto forme sa vnáša do kolóny.

V obidvoch prípadoch treba dbať na to, aby bola kolóna naplnená rovnomerne, aby sa v stĺpci nevyskytovali vzduchové bubliny, prípadne iné nehomogenity. Stĺpec nesmie počas celej práce vyschnúť, pretože jeho popraskanie zapríčiňuje zníženie deliacej schopnosti. Na povrch stĺpca sa zvykne umiestniť krúžok filtračného papiera, ktorý zabraňuje zvíreniu adsorbenta alebo nosiča stacionárnej fázy pri nanášaní vzorky.
Vzorka sa nanáša na kolónu viacerými spôsobmi. Najčastejšie sa rozpustí v minimálnom objeme elučného činidla a pipetou sa nanesie na povrch kolóny vtedy, keď je hladina rozpúšťadla tesne nad povrchom adsorbenta alebo nosiča. Treba dbať na to, aby kolóna nevyschla a zároveň, aby nanášaná vzorka nebola príliš zriedená elučným činidlom prítomným v kolóne nad povrchom adsorbenta. Po vsiaknutí vzorky sa steny kolóny zmyjú malým množstvom eluenta a až po jeho vsiaknutí sa pridá väčšie množstvo elučného činidla.
Iným spôsobom nanášania vzorky na kolónu je nanesenie vzorky naadsorbovanej na nosiči. Vzorka sa rozpustí v elučnom činidle a k tomuto roztoku sa pridá adsorbent (asi 5-násobné množstvo vzhľadom na hmotnosť vzorky). Rozpúšťadlo sa odparí a adsorbent so vzorkou sa opatrne nasype do kolóny na povrch stĺpca. Počas elúcie steká elučný roztok kolónou buď samovoľne alebo je tlačený inertným plynom (dusíkom). V druhom prípade ide o špeciálny typ stĺpcovej chromatografie, FLASH – chromatografiu.


3.10 FLASH - chromatografia


Flash – chromatografia je dnes už pomerne bežná separačná metóda, využívaná v organickom laboratóriu na preparatívne účely. Jej veľkou výhodou je rýchlosť a celková nenáročnosť. Osvedčila sa najmä v tých prípadoch, keď rozdiel RF hodnôt separovaných látok je aspoň 0,15. Vtedy možno rozdeliť 0,01 až 10,0 g vzorky v priebehu 10 – 15 minút. Pre úspešnú separáciu je rozhodujúci výber silikagélu, kolóny vhodných smerov, elučného činidla, jeho prietoku kolónou a podobne. Mnohé experimenty dokazujú, že najlepšie delenie sa dosahuje pri použití zrnitosti 0,040 – 0,063 mm a prietoku eluenta 5 cm.min-1.