V podhorskom stupni sa vyskytujú druhy, ktoré tu hniezdia /škovránok poľný, jarabica poľná/, ale aj druhy, ktoré tu nachádzajú potravu /dravce- jastrab obyčajný, myšiak hôrny, sokol- myšiar pustovka/. Veľmi pestré a pomerne početné je druhové zloženie živočíchov v oblasti poľných remízok, v krovinatých zárastoch, pozdĺž tokov a v ich brehových porastoch, ako aj v močaristých rašelinových biotopoch. V podhorskom pásme sú lokalizované hlavne ľudské sídla, kde sa z vtákov vyskytuje hlavne lastovička obyčajná, belorítka obyčajná, vrabec obyčajný, sýkorka veľká, hrdlička záhradná a z cicavcov kuna skalná, tchor tmavý, .. . Stupeň lesa je pomerne bohatý na živočíšne druhy. Typickými druhmi sú lesná, poľovná zver, sýkorky, ďatle, drozdy, pinky, hýľ obyčajný, stehlík čížavý, králik zlatohlavý, tetrov obyčajný, jariabok hôrny, hlucháň obyčajný, .. . V kosodrevinovom stupni sa končí rozšírenie lesných druhov a začína sa rozšírenie horských a vysokohorských druhov. Patrí sem ľabtuška vrchovská, vrchárka červenkavá. Prenikajú sem však aj druhy z nižších polôh, ako kolibkárik čipčavý, trasochvost biely, žltochvost domový, dážďovník obyčajný, .. . Za potravou do vegetačného stupňa zachádza z cicavcov i medveď hnedý, líška obyčajná, hranostaj obyčajný, lasica obyčajná, .. . Osobitosťou je vodná nádrž Orava poskytujúca vhodný biotop pre ryby, ale i pre vtáctvo. Medzi vtákmi sa nachádzajú i mnohé vzácne sťahovavé druhy. Významnú živočíšnu zložku predstavujú druhy bezstavovcov, najmä na močaristých a rašelinových biotopoch. Rašelinové a močaristé plochy sú vhodným biotopom aj pre viaceré vzácne a ojedinele sa vyskytujúce druhy plazov a obojživelníkov.
Najväčšiu časť plochy tu pôvodne pokrýval smrek, jedľa, borovica a buk. Intenzívnou hospodárskou činnosťou sa však lesné plochy narušili a premenili na smrekové monokultúry. Zvyšky pôvodných lesných porastov sa nachádzajú už len na malých plochách, na vyššie položených miestach alebo ako zákonom chránený porast. Na Orave možno vyčleniť tieto vegetačné stupne: stupeň pahorkatín, čiže kotlinový stupeň, podhorský stupeň, horský stupeň /až po hornú hranicu lesa/ a subalpínsky, čiže kosodrevinový stupeň, zaberajúci najvyššie oblasti Babej hory a čiastočne i Pilska. V lesnom spoločenstve má prevahu smrek, zväčša ako monokultúra. Jedľa biela, vytvárajúca zväčša porasty s bukom a smrekom, je o niečo hojnejšie zastúpená len v oblasti Oravskej Magury. Smrekovec opadavý, borovica resp. borovica sosna a borievka sibírska sa vyskytujú v oblasti Babej hory a Pilska. Na celom území je rozšírená borievka obyčajná. V nižších polohách majú prevahu listnaté lesy.