Prevláda tu buk, jelša lepkavá, breza bradavičnatá a lieska obyčajná. Teplomilné druhy sa uplatňujú iba vo veľmi malom množstve a dolinou Oravy vystupujú nanajvýš po Oravský Podzámok. V pásme lesov podrastoch nachádzame typické lesné druhy: veternica lesná, kopytník európsky,.. . Vo vlhkých hájoch a krovinách kvitne hlavne kyslička obyčajná a durman obyčajný. Vo vyšších polohách sú v podraste zastúpené rôzne druhy papradí a plavúňov, čučoriedka obyčajná, vres obyčajný, brusnica pravá, .. . Z krovín v pásme lesa prevláda jarabina vtáčia a ostružina malina. V podmáčanom smrekovom lese v podraste sú hojne zastúpené machy, nezábudka močiarna, .. . V pásme kosodreviny dominuje kosodrevina. Endemitom Babej hory je rožec alpínsky babohorský. Floristicky najzaujímavejšie sú rašeliniská hornej Oravy. Väčšina z nich vznikla v prameniskovej oblasti. Slatiny sú na hornej Orave pomerne zriedkavé. Väčšinou sa vyskytujú na menšícj plochách buď na okraji rašelinísk, alebo pod úpätím odlesnených svahov pohorí.
Opisované územie tvorí jednoliaty hydrografický celok takmer všetky rieky v ňom prameniace (okrem potoka Sestrč pri Malatinej) patria do povodia rieky Oravy. Okrem toho po hrebeni Oravských Beskýd, súhlasne so slovensko-poľskou hranicou, prechádza hlavne európske rozvodie medzi baltským a čiernomorským pomorím. Na opisovanom území sa okrem povrchových vôd a umelej vodnej plochy (vodná nádrž Orava) nachádzajú aj podpovrchové a minerálne vody. Riečna sieť opisovanej oblasti sa začala vytvárať ešte v mladších treťohorách. Dnes sa vyznačuje značnou hustotou, čo súvisí, okrem iného, s dĺžkou jej vývoja a geologickým podkladom. Predstavuje ju rieka Orava, ako hlavný tok, a jej prítoky. Orava má dve zdrojnice: Bielu Oravu a Čiernu Oravu.
Geologický a geomorfologický vývoj opisovaného územia je veľmi zložitý. Základ jednotlivým horopisným celkom dali niekoľkokrát sa opakujúce tektonické pohyby v starších a mladších treťohorách. Hrubé geomorfologické obrysy spôsobili v pohoriach a kotlinách horotvorné pohyby v mladších treťohorách, keď vyzdvihnutím vznikli horské celky a poklesom zasa kotliny. Medzi jednotlivými fázami tektonických pohybov existovali aj obdobia relatívneho pokoja, počas ktorých sa nerovnosti reliéfu zarovnávali. Zvyškami takéhoto plochého zarovnaného reliéfu sú plošiny, ktoré môžeme vidieť pozdĺž riek a na úpätí pohorí, široké ploché chrbty v pohoriach a kotlinách. Začiatkom štvrtohôr nastali veľké zmeny v podnebí zemského povrchu. Silné ochladenie klímy viedlo ku vzniku ľadových dôb.