Na severe Malé Karpaty prerezali Holeška a Jablonka. Pramene podzemnej vody sú na kryštaliniku puklinové, v hrubších kamenito-piesočných a štrkových nánosoch úvalín sutinové. Je ich mnoho, avšak s malou výdatnosťou. Z vápencov a dolomitov chočskej jednotky sú na vodu bohaté vyvieračky, medzi ktoré patrí aj krasový prameň v Čachticiach.
Na plošinách v úvalinách a na miernych svahoch sú pôdy hlboké, na granodiorite a svoroch piesočnato-hlinité, na ílovitých bridliciach a na vápencových plošinách hlinito-ílovité až ílovité, na strmších stráňach pôdy plytké a skeletnaté. Hrubý skelet prevláda na vystupujúcich tvrdošoch granodioritu, amfibolitov, kremencov, melafýrov a vápencov. Prevládajú hnedé pôdy. Na kryštaliniku s výnimkou amfibolitov sú hnedé pôdy nenasýtené, na amfibolitoch, melafýroch, vápencoch a dolomitoch s hlbším plášťom zvetralín nasýtené. Na vápencoch, slieňoch a dolomitoch sú karbonátové pôdy. Na miestach s miernejšími sklonmi, kde sú v spodine úlomky karbonátových hornín, sú i hnedé pôdy reliktne karbonátové. Pod skalnými stenami a svahmi obsypanými hrubobalvanitou sutinou sa na silikátových substrátoch nachádzajú ostrovčeky pôdy typu ranker s prechodmi do hnedých pôd. Na zamokrených zníženinách náhorných plošín, na nivách potokov a v úvalinách sa vyskytujú ostrovy a pásy hnedých pôd illimerizovaných, nivných pôd oglejených a glejov, redšie i lužných pôd zrašelinených a glejových.
Fytogeograficky sa zaraďujú Malé Karpaty do obvodu podoblasti predkarpatskej flóry (oblasť panónskej flóry). Pre pomerne malú nadmorskú výšku a susedstvo s teplými nížinami sú horské druhy Malých Karpát len slabo zastúpené. Nížinné druhy tu nemajú vhodné stanovištia, a preto ich rastlinstvo je veľmi odlišné. V nižších polohách sú dubiny, v ktorých sa uplatňuje hlavne dub plstnatý, menšie plochy zaberajú dobovo-hrabové lesy, vo vyšších polohách úplne prevládajú bučiny, miestami sú vyvinuté aj suťové jaseňovo-javorové lesy. Ráz podrastu sa mení aj podľa geologického zloženia. Borovica bola vysadená. Na strmých skalnatých svahoch na vápennom substráte sa uplatňujú porasty s kostravou bledou, miestami lipnica bádenská, na severných expozíciách rastie ostrevka vápnomilná. Na hlbších pôdach južných svahoch sú porasty s ostricou nízkou, prípadne s kostravou žliabkovitou. V Slovensku len z Malých Karpát sú známe: iskerník perovitostrihaný, arábka výbežkatá, striebrenka hlavičkatá, listnatec jazykovitý, vika sivá, ranostaj ľúby. Ceterak lekársky má tu jedinú presne známu lokalitu na Slovensku.