Celkovo sa jedná o 4000 ostrovov, ale rozlohou významné sú len štyri: HONŠÚ, HOKKAIDÓ, KJÚŠÚ a ŠIKOKU. Tie oddeľujú plytké šelfové Japonské more na západe od hlbokej Japonskej priekopy Tichého oceánu na východe a juhovýchode. Tisíc kilometrov na juhozápade súostrovie Rjúkjú s ostrovom Okinawa tvorí hranicu Tichého oceánu a Východočínskeho mora. Asi 1000 km na juh od Tokia sa rozkladajú malé Boninské a ešte ďalej tri Vulkánové ostrovy. Na severe delí Hokkaidó od ostrova Sachalin La Pérousova úžina a za ďalšou úžinou Nemuro na severovýchode ležia sporné Kurilské ostrovy patriace Rusku.


1.1 Povrch

Všetky japonské ostrovy, prevažne sopečného pôvodu, sú veľmi hornaté. Najsevernejšie zo štyroch hlavných ostrovov je Hokkaidó. Horské pásma vedú od severu (pohorie Kitami, cez centrálnu Išakari so sopkami presahujúcimi 2000 m k juhu (Hidaka. Tretie horské pásmo vyplňuje poloostrov na západe a je od ostatných oddelené nížinou, kde preteká najdlhšia japonská rieka Išakari.
Na juh od Hokkaida, za Cugarským prielivom, sa rozkladá Honšú - najväčší a najviac obývaný zo všetkých ostrovov. Od severu sa stredom tiahne Óu, pozdĺž pacifického pobrežia Kitakami - pokračovanie horského pásma z ostrova Hokkaidó. Centrálna časť Honšú vyplňuje zložitý systém pohorí súhrnne nazývaných Japonské Alpy. Blízko južného pobrežia západne od Tokia sa nachádza osamelá sopka a najvyššia hora Japonska - Fudžijama ( 3776 m . Juhovýchodne od centra Japonských Alp sa na ploche zhruba 13 000 km2 rozprestiera najväčšia japonská nížina Kantó. V jej južnej časti, pri Tokijskom zálive, leží hlavné mesto Tokio. Na západ od centrálneho horského systému sa rozkladá menšia nížina Nóbi, ktorá obklopuje mesto Nagoju, ležiaca na pobreží. Smerom na západ sa nachádza najväčšie japonské jazero Biwa. Väčšinu, k západu sa zužujúceho ostrova, vyplňuje pohorie Čúgoku. Úzka pobrežná nížina na jeho južnej strane lemuje tzv. Vnútorné more so stovkami malých ostrovov, ktoré oddeľujú západnú Honšú od ostrova Šikoku s horami dosahujúcimi takmer 2000 m. Na juh od jazera Biwa vybieha široký a hornatý poloostrov Kii. Na jeho západnom pobreží pri Ósackom zálive leží druhé najväčšie spojenie miest Japonska Ósaka - Kjóto - Kóbe.
Najzápadnejší ostrov, Kjúšu s veľmi členitým západným pobrežím, je oddelený na severe od Honšú úžinou Šimonoseki a na východe od Šikoku prielivom Bungo. Vulkanické masívy v strede ostrova sú teraz nižšie, najvyššie vrcholky presahujú 1700 m. Na juh od Kjúšú vyčnieva z mora rada vulkánov.
Japonsko seizmicky predstavuje veľmi aktívnu oblasť.