Ročne je postihnutá desiatkami zemetrasení i častými erupciami sopiek. Minimálne sa eviduje 60 činných sopiek. Najaktívnejšia zóna je na južnom Kjúšú. Ďalšie potom na severnom a strednom Honšú. K ničivým zemetraseniam dochádza v priemere raz za päť rokov.


1.2 Vodstvo

Riečna sieť je hustá, ale rieky sú krátke a prudké s veľkými výkyvmi vodného stavu. Vznikajú vo vnútri hôr, tečú smerom na západ alebo na východ strmými údoliami a prudko padajú do pobrežných nížin. Majú veľkú eróznu silu. V nížinách ukladajú silné nánosy, do ktorých sa na mnohých miestach zarezávajú. Často tečú nad úrovňou okolitej krajiny, čo je veľmi výhodná situácia pre stavbu zavlažovacích kanálov. Pre lodnú dopravu sú kvôli plytkosti a prudkosti, okrem dolných tokov, nevhodné.
Najdlhšou riekou Japonska je Šinano - gava ( gava - rieka . Meria 375 km. Tečie na severozápad a zhruba v strednej časti Honšú sa vlieva do Japonského mora.
Japonsko sa vyznačuje aj hojnosťou jazier. Najväčšie je Biva - ko ( ko - jazero ležiace blízko Kjótó a býva často zobrazované na umeleckých predmetoch podobne ako uctievaná Fudžijama. Meria 675 km2 a je hlboké 70 m. Ostatné väčšie jazerá sú v severnej časti Honšú a na Hokkaide. Vyskytuje sa tam množstvo menších jazier, ktoré ako lagúny lemujú pobrežné nížiny. Mnoho jazierok vypĺňajú krátery vyhasnutých sopiek. Najdôležitejšou vnútrozemskou vodnou plochou o veľkosti 20 000 km2 je Vnútorné more ( Seto - no - utči , zovreté ostrovmi Honšú, Avadži, Šikoku a Kjúšú. Priemerná hĺbka je 10 až 20 metrov, maximálna asi 50 m. Pre hospodársky život zeme majú nesmierny význam okolité moria. Japonské more, odeľujúce ostrovy od ázijskej pevniny, má maximálnu hĺbku 4226 metrov. Vďaka Cugarskému prielivu medzi Hokkaido a Honšú komunikuje s Tichým oceánom a vďaka Šimonoseckému prielivu komunikuje s Vnútorným morom. S ďalším okrajovým morom, Ochotským, je spojené La Perusovým a Tatarským prielivom. Na juh naväzuje Korejským prielivom na Východočínske more.
Moria sú pri hladine teplé a dosahujú na juhu teploty 26 C. Na severovýchode je povrchová voda Tichého oceánu chladnejšia. Príčinou sú morské prúdy. Nikde na svete sa nenachádza toľko morských prúdov s rozličnými teplotami na tak malom priestore ako tu. Z juhu prúdi Kuro - šio, ktorý sa rozráža o ostrov Kjúšú na dve vetvy a pokračuje smerom na sever po oboch stranách Japonska. Východná, hlavná vetva sa stretáva u ostrova Honšú na 38 s. z. š. s chladným kurilským prúdom, ktorý sa nazýva Oja - šio.