storočia za vlády štátnika a učenca princa Šótokua (576 - 662 .
Roku 794 sa cisárskym mestom stalo Heiankjó, dnešné Kjóto a svoje postavenie si uchovalo až do roku 1868. S rastúcou izoláciou sa panujúci cisárovia dostávali do područia mocných regentských rodov, z nich vynikali najmä Fudžiwarovia, ktorí si udržali moc behom celého 11. storočia. Toto obdobie bolo významné aj vzostupom samurajstva, vojenskej triedy, ktorá sa stala nositeľom moci v provinciách. V roku 1192 získal Joritomo Minamoto (1147 - 1199 dostal ako prvý titul šogúna, vojenského generalissima. Usadil sa v Kamakure južne od dnešného Tokia.
V rokoch 1274 a 1281 bol vojenský feudálny systém ohrozený dvoma mongolskými nájazdmi z Kóree. Vtedy bolo loďstvo nájazdníkov rozprášené tajfúnom, ktorý neskôr nazvali Kamikadze ( božský vietor . Nákladné vojnové prípravy viedli k finančnému krachu šógonátu. Roku 1333 bola moc šógunátu - vláda bakufu - zvrhnutá v prospech nového cisára. Neskôr bola vláda šógunov v Kjótu opäť obnovená.

Roku 1542 prenikli prví Európania, portugalskí obchodníci z Macca a ich príchodom sa do rúk vládcov dostala nová mocná zbraň - mušketa. Oveľa väčší význam malo kresťanstvo uvedené španielskym jezuitom Františkom Xaverským ( 1506 - 1552 , ktorého nasledovali ďalší misionári.
V tej dobe zosilujú boje o nadvládu nad krajinou, ktoré pokračujú až do roku 1548, kedy Nobunaga Oda ( 1534 - 1582  vtiahol do Kjóta a zahájil obdobie zjednocovanej zeme. Po smrti Nobunagy prevzal vedenie jeho schopný vojvodca Hidejoši Tojotomi ( 1536 - 1598  a roku 1587 uskutočnil z Nagasaki, prístavu na západnej strane ostrova Kjúšú, cisárske mesto. Nagasaki skoro prilákalo španielske, holandské a portugalské lode.
Hidejošiho nástupcu Iejasu Tokugywy ( 1543 - 1616  pokračoval v zjednocovacom procese a ustanovil tokugawský šogunát, ktorý trval od roku 1603 až do roku 1867. Iejasu zo začiatku podporoval zahraničný obchod. Od roku 1636 sú všetky vzťahy s európskymi obchodníkmi a misionármi - s výnimkou mesta Nagasaki - zakázané a začína prenasledovanie japonských kresťanov.
V rokoch 1836 a 1837 boli potlačené dve veľké povstania. V období, kedy americké a európske lode vyvíjali silný nátlak na obnovenie zahraničného obchodu. V júli 1853 priplávala flotila amerických vojnových lodí, ktorým velil komodor Matthew Galbraith Perry ( 1794 - 1858  a zakotvila v Tokijskom zálive. Zostali tam dovtedy, kým Japonsko nesúhlasilo s obchodnou a diplomatickou zmluvou so Spojenými štátmi. Ďalší odpor voči zásahom zo zahraničia mal za následok ostreľovanie japonských prístavov.