Po prvý raz sa spomínajú v kráľovskom spise z roku 1247 pod menom Burcout-Rorkut. Bardejovské kúpele používali členovia rádu cisterciánov. Podľa dokladov z bardejovského múzea tu bol v 15.storočíkúpeľný dom so šiestimi izbami. L.Rákóczi ich uvádza roku 1505 vo svojom denníku. Prvý veľký rozkvet prežívali začiatkom 19. stor. Medzi ich návštevníkov patril ruský cár Alexander I., manželka Napoleona I., cárovná Mária Lujza i manželka Františka Jozefa I., cisárovná Alžbeta. Podľa nej pomenovali nový liečebný dom koncom 19. stor. a v roku 1903 inštalovali pred ním bronzovú sochu sediacej panovníčky. Začiatkom 20.stor. nastal ďalší rozkvet kúpeľov. Dve svetové vojny takmer kúpele zničili. Od roku 1957 vstúpili kúpele do ďalšieho rozkvetu. Kúpeľná liečba v Bardejovských Kúpeľoch sa opiera o balneologické využitie liečivej minerálnej vody tipu alkalicko-skalných, železnatých kyseliek. Používa sa na pitné kúry, kúpeľnú a inhalačnú liečbu. Z výsledkov chemických rozborov, z dlhodobých skúseností a liečebných úspechov vyplýva, že bardejovská minerálna voda môže svojou balneologickou hodnotou úspešne súťažiť s najznámejšími minerálnymi vodami tohto tipu. Charakter a liečivé vlastnosti minerálnych vôd a terapeuticky účinná klíma sa využívajú na liečbu pacientov s dvoma skupinami ochorení: s chorobami tráviaceho ústrojenstva a s nešpecifickými chorobami dýchacích ciest. Krásne, pokojné prírodné prostredie a vybavenosť kúpeľov sú mimoriadne vhodné aj na liečbu pacientov so stavmi po celkovej fyzickej a duševnej vyčerpanosti.
V Bardejovských Kúpeľoch sa nachádza prírodné Múzeum ľudovej architektúry- skanzen, kam sústredili celý rad drevených stavieb, typických pre hornú časť Šariša z konca 18.stor.