Většina mimořádně cenných území původní CHKO Šumava byla zahrnuta do I. zóny nově vyhlášeného Národního parku. Na území zmenšené CHKO zůstala však řada území zasluhujících zvýšenou ochranu. Ta jsou chráněna formou národních přírodních rezervací (NPR) nebo přírodních rezervací (PR), případně národních přírodních památek (NPP) nebo přírodních památek (PP).

Mezi nejznámější NPR v CHKO Šumava patří Boubínský prales, Bílá strž, Černé a Čertovo jezero. Z přírodních rezervací patří mezi nejvýznamnější Hamižná hora a Milešický prales. Mezi významné přírodní památky v CHKO Šumava můžeme zařadit zejména PP Lipka, Svatý Tomáš, Velké bahno, Poušť, Malý Polec a některé další.

Statutem přírodní památka jsou chráněna menší území mimořádných přírodních hodnot. V NP Šumava mezi ně patří především Chalupská slať, Buková slať, kotlina Valné, Modravské slatě, Obří hrad, Povydří, Malá niva, Prameny Vltavy, Stožec, Trojmezná hora, Tetřevská slať a některé další.

V NP a CHKO Šumava je připravena i řada naučných stezek. Mezi nejznámější patří Medvědí Stezka, naučná stezka Chalupská slať, Boubínský prales, vycházkový okruh Churáňov, naučná stezka Železnorudsko, Povydří a Hamižná hora.
NPR Boubínský prales
- nejznámější pralesní území v Čechách zaujímá část hory Boubín (1362 m.n.m.)Boubínský masiv je budován rulami, svory a břidlicemi. Stromy: smrk, buk, javor klen a jilm horský.
PR Černé a Čertovo jezero
- obě jezera jsou součástí jedné přírodní rezervace, ale pro jejich odlišnost je popisujeme jako samostatné lokality.
Černé jezero- je to největší (18,4 ha), nejhlubší (39.8m) a nejníže položené (1008 m.n.m.)Je to největší naše jezero ledovcového původu a leží v Železnorudské hornatině. Voda je čistá, průzračná, její černé zabarvení je způsobeno černým kalem na dně i odrazem tmavozelených lesů na vodní hladině. Vodu z jezera odvádí Černý potok, který se vlévá do Úhlavy.
Čertovo jezero- leží v nadmořské výšce 1030 m v Železnorudské hornatině, patří do povodí Černého moře, protože Jezerní potok z něj odvádí vody do Řezné, která je přítokem Dunaje.