Dominuje lieň obyčajný, pstruh potočný a umelo vysadená hlavátka obyčajná. Čistotou vodných tokov indikuje množstvo hmyzu – vážok, podeniek a potočníkov. Svoje vývojové štádia prežívajú v stojatých vodách a mladých vodných nádržiach obojživelníky – mloky a žaby: skokan hnedý, salamandra škvrnitá a ropucha zelená. V tesnej blízkosti vôd hniezdia vtáky, napr. kalužiačik malý, trasochvost biely, kačica divá, miestami vzácky rybárik obyčajný. V pobrežných porastoch i priamo vo vode loví užovka obyčajná, hryzec vodný a niekoľko párov vydry riečnej. Rozsiahlejšie lesné porasty poskytujú domov pre lesnú faunu. Hniezdia tu mnohé druhy spevavého vtáctva. Staré vysoké stromy osídľuje bocian čierny, orol krikľavý, jastrab veľký, sova dlhochvostá. Na zemi hniezdi sluka hôrna, jariabok hôrny. V Pieninských lesoch žijú aj niektoré druhy poľovnej zveri, napr. jeleň obyčajný, srnec hôrny, sviňa divá, zo šeliem líška obyčajná, mačka divá, vzácne rys ostrovid a prechodne sa objaví aj vlk.

Vplyv človeka na prírodu Pienin:
Obyvateľstvo premieňalo lesy na pasienky a poľnohospodársku činnosť. Negatívne vplývali aj na drevinné a výškové zloženie lesov v tejto oblasti. V dôsledku túlavého spôsobu ťažby, ktorý je badateľný v oblastiach nezasiahnutých neskorším holorubným hospodárstvom, vznikli výškovo a vekovo diferencované drevinové porasty. Súčasný stav ochrany v PIENAPe:
Súčasťou Pieninského národného parku od roku 1967 sa stali:
1. Štátna prírodná rezervácia Pieniny – Prielom Dunajca, s rozlohou 362,7 ha, ktorá patrí k prírodovedecky zaujímavejším a najhodnotnejším častiam národného parku. Rieka Dunajec tu v úzkom kaňone vyhĺbila štyri stlačené meandre, ktoré spolu so zaujímavým modelovaním krajiny, vytvárajú vzácny klenot.
2. Chránený prírodný výtvor Prielom Lesnického potoka – Kače s rozlohou 29,53 ha.
Lesné komplexy nahradila skalná úžina, ktorá sa vyznačuje aj odlišným zastúpením rastlinných druhov.
3. Chránený prírodný výtvor Haligovské skaly, s rozlohou 80,79 ha, ktoré predstavujú komplex brál vystupujúcich vplyvom erózie vody z flyšového obalu a vytvárajú tak vysokohodnotnú krajinnú dominantu s mnohými botanickými a zoologickými zvláštnosťami. Súčasťou je aj jaskyňa Aksamitka, vyhlásená roku 1979.