Problémy s menšinami se zde začaly vyskytovat především po období v letech 1924-1936, kdy byly přerozdělovány hranice mezi jednotlivými státy.
Po rozpadu SSSR zůstala ve všech státech poměrně početná skupina Rusů. V průběhu devadesátých let jejich počet sice poklesl, ale stále tvoří důležitou složku obyvatelstva, především díky vyšší vzdělanosti - Rusové v jednotlivých oblastech byli vždy součástí intelektuální elity.V 90. letech došlo k výraznému "odlivu mozků" v ruské populaci, jednotlivé vlády se tak snaží o omezení odchodu ruských menšin a například v Tádžikistánu byla proto jako druhý úřední jazyk ( přesněji "jazyk všeobecné komunikace") zavedena ruština.

Tádžikistán je zatím jediným místem v oblasti, kde proběhly dlouhotrvající otevřené boje. V květnu 1992 vypukly po sérii demonstrací v Dušanbe ozbrojené srážky mezi přívrženci komunistického prezidenta Rachmonova a bývalého prezidenta Nabieva a opozicí vedenou převážně Islámskou stranou obrody Tádžikistánu. Občanská válka zde trvala od r.1991 do r.1997.
Stručně řečeno, její příčinou byl boj o moc, mezi komunisty a opozicí. Komunisté, v čele s bývalým prezidentem Nabievem a se současným Rachmanovem obývali především území na severu, kolem nejvyspělejší regionu Chodžent, kde byli jejich spojenci Uzbekové. Druhou nejsilnější oblastí komunistů byl jih města Dušanbe a Kuljab - odtud také pocházeli oba prezidenti. Opozice oproti tomu měla svá nejdůležitější sídla v těžko dostupných oblastech Garmského údolí a v Autonomní oblasti Horský Badachšán.

V průběhu války se opozici dařilo udržet si kontrolu nad svými teitorii. Boje byly vedeny především v oblasti Garmského údolí a v okolí města Kuljab. Důsledkém pak bylo několik velkých uprchlických vln, které se věsměs usadili v uprchlických táborech v sev. Afghánistánu. Po několika kolech složitých jednání podepsal president Rachmonov a předák Spojené tádžické opozice Said Abdullo Nurí mírovou smlouvu 27.6.1997 v Moskvě. Tomu ale také předcházel atentát na prezidenta Rachmanova 30.4.1997 v Chodžentu. (V roce 1998 pak bylo osm lidí v souvislosti s tímto atentátem odsouzeno k smrti). Podle této smlouvy pak získala opozice ve všech významných politických postech třicetiprocentní zastoupení.