Územie sa vyznačuje i bohatým zastúpením nižších rastlín zo skupiny lišajníkov (registrovaných 110 druhov), machorastov (registrovaných 100 druhov) a húb (registrovaných 331 druhov).

Les na južných a juhozápadných svahoch je zvyškom bývalých lesných porastov duba plstnatého, ktoré v minulosti zaberali celé tieto svahy. Je to teplomilné lesné spoločenstvo na plytkých karbonátových substrátoch, ktorému vyhovujú extrémne teplotné a vlhkostné pomery južne exponovaných svahov. Na Devínskej Kobyle je vyčlenených 5 lesných spoločenstiev:

1. hrabový les
2. bukový les
3. drieňový dubový les
4. javorový sutinový les
5. dubový les

Zo zoogeografického hľadiska územie patrí do vnútorného obvodu Západných Karpát na hranici živočíšneho regiónu listnatých lesov a stepí. Vyznačuje sa najmä bohatým zastúpením teplo- a suchomilných druhov hmyzu. Ďalej tu žijú viaceré významné chránené druhy živočíchov. Z hmyzu sú to sága stepná, modlivka zelená, roháč obyčajný a iné; z obojživelníkov napríklad ropucha obyčajná; z 9 druhov plazov, ktoré sa v záujmovom území vyskytujú, je to napr. jašterica zelená a užovka hladká; zo vzácnych druhov vtákov, ktoré do záujmového územia zalietajú z okolitých hniezdísk za potravou, napr. skaliar pestrý, z dravcov sokol rároh a mnohé iné.

Na zadržanie vody a ochranu pôdy pred eróziou sú dôležité machy. Vyskytujú sa tu aj mnohé lišajníky, ale v posledných desaťročiach v dôsledku vplyvov človeka nastal ich úbytok. Exhaláty poškodzujú najmä gonídiovú vrstvu stielky, ničí sa chlorofyl, znižuje sa fotosyntéza, a lišajníky strácajú pôvodné zafarbenie. Keďže v znečistenom prostredí nie sú schopné existovať, sú dôležitým indikátorom čistoty prostredia.