Bratislava patrí k najmladším hlavným mestám Európy a pritom k mestám s bohatou históriou siahajúcou k dobám spred dvetisíc rokov. Poloha mesta v samostatnom srdci Európy na brehu rieky Dunaj predurčila Bratislavu, aby sa stala križovatkou a cieľom obchodných ciest, strediskom mnohých kultúr. Prvé stopy po trvalom osídlení sa viažu k mladšej dobe kamennej pred 4500 rokmi. Keltský kmeň v 2. storočí pred n. l. založil na území mesta významné mocenské centrum s obrannou funkciou, kde hradný kopec tvoril obrannú baštu. Keltské oppidum zaberalo celý hradný vrch týčiaci sa nad hladinou Dunaja. Bratislavské oppidum sa preslávilo razením mincí, z ktorých najznámejšie sú s nápisom Biatec. Príčina zániku oppida bol vplyv vpádu Dákov. Zvyšky keltského obyvateľstva tu však žili až do rímskej okupácie pravého dunajského brehu.

Bratislava sa v rímskom období ocitla priamo na hranici Rímskej ríše. Rimania na troskách po Keltoch vybudovali svoju strážnu stanicu. Archeologické nálezy dokazujú rímsku stavebnú architektúru aj v priestoroch Starého mesta alebo v Dúbravke, kde boli nájdené základy rímskych kúpeľov a na Devíne.
Predkovia dnešných obyvateľov Slovenska Slovania prišli na územie terajšieho mesta v 5. a 6. storočí n. l. a slovanské hradiská v Bratislave a na neďalekom Devíne sa stali v 9. storočí centrami spoločného štátu západoslovenských kmeňov – Veľkomoravskej ríše.
V nasledujúcom storočí sa vznikajúce mesto začlenilo do Uhorského kráľovstva. Bratislavský hrad sa stal dôležitým pohraničným hradom. Stal sa tak najdôležitejším hospodárskym a správnym centrom uhorského pohraničia a strediskom cirkevnej organizácie. Bratislavský hrad a jeho okolie sa tak stali terčom mnohých vojenských útokov. Neskôr v 11. a 12. storočí bol najlepšie opevnený hrad v Uhorskom kráľovstve.

Na prelome 15. 16. storočia začali do strednej Európy prenikať Turci a tak sa život uhorského kráľovstva presunul do starodávneho Prešporka. Hrad nad mestom sa stal kráľovským sídlom, farský kostol korunovačným chrámom kráľov. V chráme sv. Martina sa v rokoch 1563-1830 uskutočnilo 19 korunovácii. Korunovali tu 10 Habsburgovcov, 8 kráľovských manželiek a okrem iných aj Máriu Teréziu. Táto chvíľa znamenala pre Bratislavu vzostup k sláve, lebo sa stal snemovým mestom kráľovstva a korunovačným mestom uhorských kráľov, sídlom kráľov, arcibiskupa a najdôležitejších inštitúcii krajiny.
Obdobie najväčšieho rozvoja mesta predstavuje doba vlády Márie Terézie. Hrad sa stal reprezentačným kráľovským sídlom a strediskom spoločenského a politického života na najvyššej úrovni. V roku 1775 nariadila Mária Terézia zbúrať mestské hradby a brány a zasypať širokú vodnú priekopu, ktorá obkolesovala mesto. Vznikol tak priestor pre ďalšiu výstavbu palácov.

Vláda syna Márie Terézie Jozefa II. znamenala pre Bratislavu ústup zo slávy. Bratislava prestala byť hlavným mestom Uhorska a na Jozefov príkaz sa odsťahovala do Budína miestodržiteľská rada a iné centrálne úrady a do Viedne odviezli aj kráľovskú korunu stráženú dovtedy na Bratislavskom hrade, čo vyvolalo odchod šľachty z mesta.
Začiatok 19. storočia sa niesol v znamení napoleonských vojen. V roku 1805 po bitke pri Slavkove bol v Primaciálnom paláci uzavretý tzv. Bratislavský mier medzi Francúzskom a Rakúskom. V roku 1809 Napoleonova armáda poškodila mesto delostreleckým ostreľovaním z pravého brehu Dunaja. V roku 1811 vypukol nepozornosťou našej posádky sídliacej na hrade požiar a hrad vyhorel.
Od tridsiatych rokov 19. storočia nastal v meste prudký rozvoj priemyslu, podporený zavedením modernej dopravy. Rýchlu dopravu umožňovali parné lode. Bratislava sa postupne stávala centrom slovenskej vzdelanosti a to zásluhou školstva. V roku 1803 tu bola založená Katedra reči a literatúry československej. Jej vrcholným obdobím bolo pôsobenie Ľudovíta Štúra ako profesora na katedre. Poslednou veľkou politickou udalosťou v meste za Uhorska bolo zasadnutie uhorského stavovského snemu, ktorý odhlasoval zrušenie poddanstva.

Druhá polovica 19. storočia znamenala pre mesto príliv obyvateľstva, podmienený zakladaním nových priemyselných podnikov. V meste mal významné zastúpenie strojársky, chemický, energetický, textilný, elektrotechnický a potravinársky priemysel. K rozvoju priemyslu v meste významne prispela aj výstavba prvého stáleho mosta, ktorý slúžil súčasne železnici i cestnej doprave a umožňoval rýchle spojenie s Viedňou aj s Budapešťou.
Bratislavu nezasiahli boje prvej svetovej vojny priamo, ale aj tak ťažko doľahla na jej obyvateľov. Zásobovanie zlyhalo, ceny boli najvyššie v celej monarchii. Koniec prvej svetovej vojny v novembri priniesol rozpad Rakúsko-Uhorska, kedy vznikla Československá republika a o osude Bratislave sa rozhodovalo na parížskych mierových rokovaniach. A tak sa mesto, ktoré nazývali Pressburg, Pozsony, Prešpork objavilo na mape Európy pod názvom Bratislava. Ešte skôr ako mesto premenovali rozhodlo sa o tom, že bude hlavným mestom Slovenska. Nasťahovali sa sem centrálne a miestne úrady všetkých odborov štátnej správy, koncentroval sa tu priemyselný, obchodný a finančný život celého Slovenska. Pripojenie Bratislavy k Československu znamenalo odchod značnej časti obyvateľstva maďarskej národnosti, ale do mesta prišlo pomerne veľa obyvateľov z Čiech. Stavebný ruch neobyčajne vzrástol, mesto sa rozširovalo a počet obyvateľov stúpol. Do Bratislavy sa nakoniec presunulo aj centrum kultúrneho a umeleckého života.

V medzivojnovom období bol vznik moderných vysokých škôl, vedeckých a kultúrnych inštitúcii celoeurópskeho významu významným krokom. V tomto čase mesto zaznamenávalo urbanistický, architektonický, priemyselný a výrobný rozvoj smerom ku kvalite. Až do druhej svetovej vojny tu žili viaceré národnostné a kultúrne spoločenstvá ako slovenské, nemecké, maďarské, židovské, české, chorvátske a iné.
Hospodárska kríza v tridsiatych rokoch zasiahla aj Bratislavu. Mnoho priemyselných podnikov znižovalo výrobu, niektoré zatvorili. Robotníci strácali prácu a bieda mimoriadne rástla. K tomu sa pridalo stupňovanie politického napätia, ktoré malo za následok rozpad ČSR a dňa 14. marca 1939 po rozbití ČSR sa stala Bratislava hlavným mestom samostatného Slovenska. Mesto sa stalo sídlom prezidenta, parlamentu, vlády a všetkých úradov štátnej správy. Stratilo však časť svojho územia, pretože súčasťou Nemecka sa stala Petržalka a Devín.

Bratislavu priamo zasiahli aj udalosti druhej svetovej vojny. Od júna 1944 do apríla 1945 trvala v meste vojnová situácia, kedy mesto bolo v rukách nemeckej armády a Bratislavu oslobodila až Sovietska armáda.
Po druhej svetovej vojne sa situácia v Bratislave zmenila. Hneď po oslobodení z mesta odsunuli väčšinu obyvateľstva nemeckej a maďarskej národnosti a rozhodnutím Národného výboru sa uskutočnilo pripojenie susediacich obcí k mestu a vznikla tzv. Veľká Bratislava.
Po februári 1948 sa Československo stalo súčasťou socialistického tábora. V Bratislave to malo za následok vybudovanie silných a istých hraníc voči Západu. Časti mesta sa dostali do pohraničného pásma a časť obyvateľov sa musela presťahovať do centra. Do života obyvateľov zasiahli aj komunistické represálie, kedy bolo veľa ľudí zatknutých a tisíce obyvateľov, obvinených z buržoázneho zmýšľania boli násilne vysťahované.

Ďalším významným politickým aktom, ktorý sa odohral v Bratislave, bolo podpísanie Zákona o Československej federácii 30. novembra 1968 na zrekonštruovanom Bratislavskom hrade. Týmto zákonom získala Bratislava štatút hlavného mesta Slovenskej socialistickej republiky.
Ďalší vývoj mesta sa niesol v znamení rozvoja priemyselnej výroby, búranie historického jadra, výstavby nových sídlisk a nevhodných dopravných stavieb. Najmä budovanie mosta SNP a nábrežných komunikácii viedlo k veľkoplošnej likvidácii, pri ktorej bola zničená historická zástavba Podhradia a dunajského nábrežia. Napriek tomu je mesto už dnes významným dopravným uzlom cestnej, železničnej, leteckej a vodnej dopravy a jeho poloha na križovatke obchodných ciest mu predurčila stať sa vstupnou bránou nielen na Slovensko, ale aj do celého stredoeurópskeho regiónu.

Od 1. januára 1993 je Bratislava hlavným mestom samostatnej Slovenskej republiky.