História projektu Mochovce sa začala písať už v 70-tych rokoch. Vtedy sa v bývalom Československu začal geologický prieskum lokalít vhodných na výstavbu novej atómovej elektrárne. Budúca elektráreň musela stáť na seizmicky stabilných geologických formáciách. Nevyhnutnou podmienkou bola blízkosť vodného zdroja, ktorý slúži na chladenie a dopĺňanie odparenej vody. V blízkosti komplexu sa nemali nachádzať veľké priemyselné podniky, ani mestské aglomerácie. Po zohľadnení všetkých faktorov padlo definitívne rozhodnutie – pre výstavbu jadrovej elektrárne bola vybraná lokalita obce Mochovce. Táto oblasť najlepšie spĺňala všetky podmienky výberu vhodného územia.

Prípravné zemné práce sa začali v júni 1981 a samotná výstavba jadrovej elektrárne v novembri 1982. Pôvodný plán výstavby počítal s uvedením elektrárne do prevádzky koncom 80-tych rokov. Oproti zariadeniam rovnakého alebo podobného typu už pôvodný projekt JE Mochovce obsahoval niekoľko zásadných vylepšení. Novým riešením bolo napríklad seizmicky odolné uchytenie technologických zariadení.

Napriek tomu sa v záverečnej fáze výstavby elektrárne zistilo, že pôvodný systém kontroly a riadenia technologických procesov nevyhovuje stupňu aktuálneho poznania. Musel ho nahradiť systém nový, najlepšie taký, ktorého spoľahlivosť už overila prax. Dodala ho nemecká firma Siemens. V čase jeho aplikácie predstavoval svetovú špičku a úspešne ho už inštalovali v atómových elektrárňach v Nemecku.

Začiatkom 90-tych rokov sa dostavba elektrárne stretla s nedostatkom financií. Jediným možným spôsobom zabezpečenia ďalšieho postupu prác sa ukázalo hľadanie finančných zdrojov v zahraničí. Po náročných rokovaniach v septembri 1995 vláda SR schválila model dostavby a financovania 1. a 2. bloku. Podľa neho sa dostavba realizuje v rozsahu pôvodného projektu a s pôvodnými zmluvnými dodávateľmi.

Vstup zahraničného kapitálu a renomovaných firiem, ako Electricité de France, Siemens, alebo Framatome však podmieňovalo komplexné zhodnotenie projektu i celkového stavu zariadení elektrárne. Mochovce v tomto období absolvovali nespočetné previerky a otvorili svoje brány misiám expertov z najuznávanejších inštitúcií z celého sveta. Odborníci analyzovali princíp zariadenia a jeho bezpečnostných funkcií.
Výsledkom spoločného úsilia slovenských a zahraničných expertov bol program zvyšovania jadrovej bezpečnosti a jeho realizácia ešte pred spustením elektrárne do prevádzky.

V záverečnej správe organizácie RISKAUDIT o hodnotení úrovne bezpečnosti SE-EMO po realizácii bezpečnostných opatrení sa hovorí: „Jadrová elektráreň Mochovce je prvou jadrovou elektrárňou sovietskeho projektu dokončenou vo východoeurópskej krajine, ktorá dosiahla úroveň bezpečnosti porovnateľnú so západnými normami“.

V septembri 2002 úspešne prebehol v Atómových elektrárňach Mochovce certifikačný audit systému environmentálneho manažérstva podľa normy ISO 14 001:1996, čím elektráreň získala certifikát podľa holandskej akreditácie Raad voor Acredative.