V máji roku 1664 cisárske vojsko bojovalo s Turkmi v oblasti stredného Pohronia medzi Žarnovicou a Žiarom nad Hronom. Dňa 16. mája sa odohrala veľká bitka s Turkmi Tatármi pri Žarnovici, v ktorej zvíťazili cisárske vojská pod vedením generála Soucheza, Mikuláš Bóryho a Štefana Koháryho. Bóry žiadal Kremnicu, aby informovala o tejto bitke Turčiansku stolicu a provizora v Bojniciach, aby sa pripravili na útok Turkov a vo dne v noci strážili cesty a križovatky. Podľa odhadu bolo v tureckom vojsku asi 6000 mužov. Jedna časť Turkov vtrhla 17. mája do Novej Bane, ktorú vyrabovali a vypálili. Na námestí sťali 15 mešťanov, 60 obyvateľov odvliekli do zajatia a 48 sa zadusilo v bani, kde sa schovali pred Turkmi, ktorí zapálili pred baňou suché raždia a iné horľaviny. V meste povraždili asi 200 obyvateľov. Turci premenili farský kostol na mešitu pre kone a kostol sv. Alžbety na mešitu.

Spustošenie Novej Bane opisuje aj banskoštiavnický obyvateľ Eliáš Cholostomus v liste adresovanom 20. mája 1664 Martinovi Mikojovi, podnotárovi v Banskej Bystrici. Poukazoval na to, že mesto bolo obrátené na popol, veľa obyvateľov bolo povraždených a tých, čo sa vyhli vraždeniu, odohnali Turci ako dobytok do zajatia. V tom čase povraždili aj v Pukanci vyše 10 ľudí.Turci sa v Novej bani dlho nezdržali, lebo cisárskeé vojská už 8. júna dobyli Levice a Parkan (Štúrovo). Po ďalších víťazstvách cisárskych vojsk nad Turkmi uzavreli bojujúce strany 10. augusta 1664 mier pri Vasvári.Nová Baňa utrpela tureckým vpádom veľké škody, ale život v meste nezanikol. Roku 1665 vyslala mestská rada Jana Gründzwiega a Andreja Kirschnera prosiť o finančnú pomoc od banských a iných slobodných kráľovských miest. Podľa matriky pokrstených sa roku 1665 narodila iba 13 detí, va nasledujúcom roku už 33 a roku 1668 40. Ročný populačný priemer pred rokom 1664 bol 50 narodených. Turecké vojny retardačne vplývali na celú stredoslovenskú banskú oblasť a mali negatívny vplyv na hospodársky, sociálny a kultúrny rozvoj najmä menších banských miest, akým bola aj Nová Baňa.

Blízkosť slovensko-tureckého pohraničia znemožňovala obchod, hatila dovoz surovín pre baníctvo a potravín pre obyvateľov, ktoré z tohto hľadiska boli odkázaní prevažne na dovoz. Viazol vývoz remeselných a kamenárskych výrobkov, celkovo ustrnul rozvoj výrobných síl. Tieto fakty mali negatívny dosah v rozvoji baníctva, ale aj v remeselnej výrobe.Veľa vytrpeli aj obyvatelia mesta ustavičnými príspevkami na protitureckú obranu, pri budovaní pevnosti Hronskom Beňadiku, ale prispievali poplatkami aj na obranu ostatných stredoslovenských banských miest. Bohatá korešpondencia medzi menším banskými mestami je svedectvom ich hospodárskeho zruinovania, úplne pauperizácie, bezmocnosti voči väčším banským mestám, ale aj voči ustavičnému znepokojovaniu Turkmi.

Hoci príspevky banských miest na protitureckú obranu sa rozdeľovali proporcionálne, podľa zatiaľ neznámeho kľúča, príspevky menších banských miest, teda j Novej Bane, neboli kvantitatívne úmerne z hľadiska celkovej hospodárskej prosperity jednotlivých banských miest. Na turecké vojny najviac doplácala mestská chudoba najmä baníci, želiari, ktorých existenčná úroveň sa v tomto období znížila na minimum.