Konec husitského období přivodily až vnitřní rozbroje, vrcholící bitvou u Lipan (1434), v níž byla vojska radikální frakce poražena. V letech 1458-1471 vládl v Českých zemích Jiří Poděbradský, panovník z místní šlechty. V té době se zde vyhranily čtyři stavy (vyšší šlechta, nižší šlechta, královská města, duchovenstvo), z nichž první tři se dělily o vládu, zatímco duchovenstvo zastoupení na zemském sněmu nemělo. Vyšší šlechta začátkem 15. stol. vytvořila tzv. panský stav, do něhož mohl rod či jedinec vstoupit jen za striktních podmínek. R. 1500 vyšel i nový zemský zákoník, tzv. Vladislavské zřízení zemské. Jméno tento zákoník získal po prvním panovníkovi rodu Jagellonců na českém trůně - Vladislavu Jagellonském, jenž byl zvolen českým králem po smrti Jiřího z Poděbrad. Král Vladislav získal po smrti Matyáše Korvína i uherskou korunu. Když však jeho syn a nástupce Ludvík Jagellonský chtěl obhájit svůj nárok na uherskou korunu, zahynul u Moháče v bitvě proti osmanským Turkům (1526). Z mnoha kandidátů byl na český trůn vybrán Ferdinand Habsburský, sotva tehdy však někdo tušil, že je tím Habsburkům zajištěna vláda ve středoevropském prostoru na dlouhých čtyři sta let. Český stát součástí habsburské monarchie

Nástup Habsburků měl za následek rekatolizaci, byť zprvu v mírné podobě. Ferdinand se navíc snažil o budování centralizované monarchie, což naráželo na prudký odpor českých stavů a měst, chránících si svá autonomní práva. Opozice proti centralizačním snahám sílila za vlády Ferdinandových nástupců a vrcholila pak v době vlády podivínského Rudolfa II. Roku 1618 došlo k povstání českých stavů, králem byl zvolen Fridrich Falcký. Stavovské povstání bylo zároveň počátkem třicetileté války (1618-1648), která nebývale zbídačila Evropu a především České země. Po prohrané bitvě na Bílé hoře (1620) a nepříznivém výsledku mírových dohod, jimiž končila třicetiletá válka, došlo nejen k proměně státoprávního postavení Českého království - po vydání Obnoveného zřízení zemského (1627) byly České země prohlášeny dědičným královstvím Habsburků - ale především k rozsáhlé emigraci z náboženských důvodů, jež ochudila zemi o četné schopné politiky, vojevůdce, kněze, učitele a především o příslušníky české a německé protestantské šlechty. Jmění jim zabavené bylo přidělováno cizím šlechticům či vojevůdcům. Rekatolizace přinesla své výsledky. Čechy a Morava se staly katolickými zeměmi. Centralizační snahy Habsburků vrcholily za vlády Marie Terezie (1740-1780) a jejího syna Josefa II. (1780-1790).