Proto využil separačních snah slovenských politiků kolem Jozefa Tisa a přiměl je k vyhlášení samostatného Slovenského státu (okleštěného o jižní a část západního Slovenska, jež již po Mnichovu připadly Maďarsku). 15. března pak německé jednotky okupovaly zbytek Československa a Hitler vyhlásil protektorát Čechy a Morava. Říšským protektorem byl jmenován vysloužilý diplomat Konstantin von Neurath. Ač podnikl řadu radikálních kroků (uzavření vysokých škol, deportace české mladé inteligence do říše), v Hitlerových očích neobstál. Byl proto nahrazen jedním z nejvýznamnějších mužů nacistické špičky - Reinhardem Heydrichem (od 27.9. 1941). Jeho vláda tvrdé ruky přinesla Čechům mnohé pohromy, ale zároveň radikalizovala domácí i zahraniční odboj. Z rozhodnutí emigrační vlády v Londýně bylo do Čech vysláno několik parašutistických komand s cílem Heydricha zabít. To se také po atentátu 27. května 1942 podařilo. Nenáviděný tyran byl usmrcen, ale české obyvatelstvo pykalo ve vlně represí (heydrichiáda), při níž zahynuly tisíce lidí, desetitisíce byly odvlečeny do koncentračních táborů a věznic a dvě vesnice - Lidice a Ležáky - byly srovnány se zemí. To již však byla plně rozvinuta druhá světová válka, jež zlepšila do té doby problematické postavení Benešovy skupiny, z níž vznikla zahraniční československá vláda. Čeští a slovenští letci se velice osvědčili v bojích o Anglii i v jednotkách zahraničních armád. Již za války se však srážely dvě koncepce zahraničního odboje a tím i dvě koncepce poválečného vývoje Československa - demokratická, prozápadní, reprezentovaná Benešovou vládou, a prokomunistická, moskevská, v čele s Klementem Gottwaldem. Poslední válečná léta, probíhající ve znamení spojení západních demokracií se sovětským Ruskem, pochopitelně ovlivnila i tyto konflikty - bylo nutno uzavřít "příměří" , jak se však později ukázalo, jen dočasné. Beneš, jenž trpěl iluzí, že má Stalinovu důvěru, se pokusil uzavřením spojenecké smlouvy a jednáním s Gottwaldovou skupinou předejít nejhoršímu. Pod tlakem komunistů došlo k přijetí tzv. Košického vládního programu, v němž se již počítalo s rozsáhlým znárodněním a posílením vlivu komunistické strany. Konec války přinesl radikalizaci společenských i hospodářských poměrů, došlo k tzv. odsunu německého obyvatelstva, což přineslo vylidnění pohraničí a jeho otevření různým dobrodruhům, vyvlastňoval se majetek Němců, Maďarů a kolaborantů, jakož i velkých vlastníků. Dominantní postavení KSČ bylo potvrzeno ve volbách r. 1946, kde se - díky vítězství v českých zemích stala nejsilnější stranou. Na Slovensku však zvítězila Demokratická strana, což přineslo další komplikace.