Konflikt mezi dynastii a odbojnou šlechtou tvoří hlavní osu uherských dějin v tomto období. Situaci zkomplikoval i tlak mocné Osmanské říše. Turci obsadili a okupovali větší část Uherska, takže habsburské Uhersko tvořilo prakticky dnešní území Slovenska. Bratislava (Pressburg) se stala hlavním městem habsburského Uherska. Tady zasedal sněm, tady byli korunováni uherští králové. Habsburkové vystupovali jako katolická dynastie a snažili se čelit šířícímu se protestantismu, o který se opírala část odbojné šlechty. Protestantismus, pokusy o jeho potlačení a násilnou rekatolizaci, odboj šlechty a turecké nájezdy způsobily, že 16. a 17. stol. bylo v Uhersku mimořádně krvavým obdobím. Stavovská povstání následovala jedno za druhým. Po porážce Turků u Vídně r. 1683 a po doznění povstání F. Rákocziho II. na začátku 18. stol. se Habsburkům podařilo státní moc postupně konsolidovat. Panovník Karel VI. se vydáním pragmatické sankce r. 1713 snažil zabezpečit nedělitelnost habsburského mocnářství a nástupnická práva pro svou dceru Marii Terezii. Habsburská centralizace vyvrcholila za vlády Marie Terezie (1740-1780) a jejího syna Josefa II. (1780-1790). Josef II. se snažil podpořit centralizaci i zaváděním němčiny jako úředního jazyka. Oba chtěli modernizovat říši mnoha vnitřními reformami. Zformování moderního slovenského národa
Pod vlivem osvícenských myšlenek a německé romantické filozofie, především J. G. Herdera, začínají si i evropské národy vytvářet ideové základy pro národní hnutí. Vstup třetího stavu a později i širších lidových vrstev do politického dění společně se sociálními přeměnami ve společnosti daly tomuto hnutí reálný sociální a politický základ. Tento proces začal i u Slováků. V první etapě se hnutí v čele s inteligencí soustřeďuje na otázky jazyka, kultury a národních dějin. V té době se kodifikuje spisovný slovenský jazyk. První kodifikaci uskutečnil A. Bernolák r. 1787, druhou, všeobecně přijatou - štúrovci r. 1843. V polovině 19. stol. Ludovít Štúr a jeho spolupracovníci zformulovali i slovenský politický program zaměřený zvláště na dosažení samosprávy Slovenska a na demokratické reformy ve společnosti. Svůj program se Slováci pokusili prosadit v revoluci v letech 1848-1849, ale narazili na nepochopení vůdců maďarské revoluce, kteří vycházeli z ideje jednotného uherského národa a uherského státu. Ani císař a vídeňský dvůr nebyli nakloněni myšlence politické decentralizace říše a demokratickým reformám. Proto Slováci dosáhli jenom některých drobných jazykových a kulturních práv.