Chránené oblasti

Zdravotný stav lesných porastov sa za posledných desať rokov výrazne zhoršil. Na ich zdravotnom stave sa uplatňuje pôsobenie extrémnych teplôt, sucha, vplyvu emisií, prejavujúcich sa aj vo forme kontaminácie lesnej pôdy a v zmene jej chemizmu. Na stave lesného fondu sa podieľa aj pokles hladiny spodnej vody. Z fyzických poškodení sú to najmä požiare a víchrice. Záhorská nížina je oblasť s veľmi početným zastúpením chránených vzácnych druhov. V roku 1988 bolo vybrané územie s rozlohou 275 km2 a bolo vyhlásené za Chránenú krajinnú oblasť Záhorie. Okrem tejto chránenej krajinnej oblasti zasahuje do Záhorskej nížiny na severe veľmi malou časťou Chránená krajinná oblasť Biele Karpaty a na východe CHKO Malé Karpaty.

Ďalšie cenné prírodné zaujímavosti sú sústredené do početných štátnych prírodných rezervácií. Jedna z najstarších, zriadená v roku 1964, je Štátna prírodná rezervácia Bezedné. Nachádza sa v zníženine medzi pieskovými dunami. Nachádzajú sa tu vodné vtáky a rastú tu aj vzácne chránené rastliny. Štátna prírodná rezervácia Bezedné je evidovaná v medzinárodnej sieti chránených území. Ďalšie rezervácie sú napríklad Abrod, Červený rybník, Dolný les, Horný les, Zelienka, Vysoká... K chráneným oblastiam patrí aj študijná plocha Starý rybník. K raritám patrí výskyt bobra európskeho v okolí Senice.

CHKO Malé Karpaty

Územie z veľkej časti pokrývajú listnaté lesy s bukom, jaseňom štíhlym, javorom horským a lipou. Z nepôvodných drevín sa tu vyskytuje gaštan jedlý. V teplomilných trávinno - bylinných spoločenstvách sa vyskytuje hlaváčik jarný, zlatofúz južný, poniklec veľkokvetý, klinček Lumnitzerov. K druhom, ktoré tu majú jediný výskyt na Slovensku, patrí listnatec jazykovitý, ranostaj ľúbi, rašetliak skalný.

Malé Karpaty majú druhovo pestré živočíšstvo. Zistilo sa tu doteraz 700 druhov motýľov a okolo 20 druhov mravcov. Z bohato zastúpeného vtáctva možno z okolia hradných zrúcanín spomenúť napríklad skaliara pestrého a skaliarika sivého. Sokol rároh má v Malých Karpatoch najhojnejší výskyt na Slovensku. Z ďalších druhov vtákov v oblasti hniezdia napríklad bocian čierny, včelár obyčajný, hadiar krátkoprstý, výr skalný, myšiarka ušatá, lelek obyčajný.

CHKO Biele Karpaty

Na juhovýchode predhoria Bielych Karpát vystupuje bradlové pásmo. Flyš charakterizuje striedanie pieskovcov, ílovitých bridlíc, slieňov a ílovcov. Významným fenoménom Bielych Karpát sú lúčne spoločenstvá s bohatým výskytom druhov z čeľade vstavačovitých. Na viacerých súkromných políčkach rastú ohrozené druhy, ako kúkoľ poľný, iskerník roľný, černuška roľná a mnohé iné. Zo živočíchov sa tu vyskytuje napríklad modlivka, zelená, fúzač alpský, roháč obyčajný, jasoň červenooký, mlok
veľký, bocian čierny, sokol rároh, výr skalný, rys, mačka divá. Osobitný pôvab v krajinnom obraze dotvára kopaničiarske osídlenie s prvkami pôvodnej ľudovej architektúry a pestrosťou ľudových tradícií.

CHKO Záhorie

Chránená krajinná oblasť Záhorie je prvou vyhlásenou nížinnou chránenou krajinnou oblasťou na Slovensku. Pozostáva z dvoch častí - severovýchodnej a západnej. Severovýchodná časť je ovplyvnená veternými procesmi súvisiacimi s prenosom piesku. Záhorská nížina tvorí dôležitú migračnú trasu pre sezónne ťahy vtákov. Je tu bohatá druhová pestrosť rastlín, pretože sa tu striedajú horské druhy s druhmi typickými pre teplé a suché prostredie. Sú tu borovicové porasty s bohatstvom hmyzích predátorov, ktoré sú yákladnou potravou pre lelka, škovránika stromového a netopiere. Západná časť CHKO predstavuje krajinu modelovanú činnosťou veľkej rieky s riečnymi terasami a širokou riečnou nivou. Zaplavované nivné lúky so zachovalou bohatou kvetenou nemajú na Slovensku obdobu. Lúky sú harmonicky rozprestreté v susedstve s lužnými lesmi, ktoré sú drevinovým zložením blízke pôvodným lesom. Hranice lesov s lúkami sú husto pretkané sieťou starých ramien, riečnych jazier a sezónnych mokradí. Sú tu vhodné životné podmienky pre veľkú škálu rastlinných a živočíšnych druhov. Z rastlinstva veľmi pôsobivo vyznieva niekoľko štvorcových kilometrov veľký koberec plamienka celistvolistého. Zo živočíchov sú najcharakteristickejšie skupiny viažúce sa na vodu, ako reliktné kôrovce, mäkkýše, ryby, obojživelníky a množstvo druhov vodného vtáctva.