Zásoby jídla a vody byly dostatečné, chyběla tedy jen posádka, 10 lidí včetně manželky a malé dcerky kapitána. V podpalubí se nacházela asi stopa vody. Vstupy do podpalubí byly odkryty, budka s kompasem roztříštěna, stropní okno v kapitánově kajutě bylo otevřeno. V kapitánově kajutě byl nalezen italský meč, na jehož ostří bylo něco, co bylo zprvu považováno za krev, avšak laboratorní rozbory tuto domněnku vyvrátily. Bylo jasné, že loď byla opuštěna ve spěchu. Lodní deník zůstal nedotčený; poslední zápis, starý devět dní nenaznačoval žádné hrozící potíže. Lodní deník končil datem 24. listopadu 1872 a hovořil o tom, že Mary Celeste pluje na souřadnicích 36o 57' severní šířky a 27o 20' západní délky. Kromě toho ale v salonu ležela břidlicová tabulka se zápisem o poloze z 25. listopadu, tedy o den později než poslední zápis v lodním deníku. Podle ní plula plachetnice ten den kolem ostrova Santa Maria v Azorském souostroví, tedy v oblasti, která bývá do bermudského trojúhelníku rovněž zahrnována. Ještě podivnější však bylo, že písmo nepatřilo ani kapitánovi, ani prvnímu důstojníkovi - a nikdo další z posádky už navigaci neovládal.. Další zvláštností bylo, že loď se – už bez posádky a navzdory neklidnému moři a bouři – stále držela svého kursu, a to více než 500 mil (=800 km), tj. do chvíle, kdy byla objevena .
Proč kapitán loď opustil? Jak mohl on a ostatní z lodi beze stopy zmizet? Byly vysloveny teorie jako vzbouření posádky, strach z náhlého výbuchu nákladu, vzplanutí moru, únos, útěk posádky po zjištění náhlého požáru, ale nenašly se stopy po ohni. Další teorie se opírá o zjištění, že v lodních zásobách byl nalezen chléb nakažený námelem. Vědělo se, že právě námel vyskytující se v chlebu již dříve zapříčinil náhlá šílenství a dokonce smrt, které předcházelo nelogické chování. Konzumace kontaminovaného chleba s následnou otravou s projevy šílenství mohla způsobit, že celá posádka naskákala do moře – toto vysvětlení lze možná vztáhnou i na jiné případy opuštěných lodí, ale to jsou pouze domněnky.
Ještě více než po stu letech je Mary Celeste považována za oběť záhadné síly, která číhá na své oběti v bermudském trojúhelníku. Tolik fakta.
…..Okna zadní nástavby byla zatlučena prkny a zakryta plachtovinou, jako by se tam chtěla zmizelá posádka opevnit. V měděné obšívce pod čarou ponoru byly dlouhé a hluboké rýhy.. Tak o tom ve své knize píše Charles Berlitz. Nikoho však nenapadlo Berlitzovy údaje ověřit. Udělal to ovšem Lawrenc David Kusche z Arizonské národní knihovny ve spolupráci s Deborah Blouinovou.