V období Veľkomoravskej ríše sa zastavilo ničenie lesov a nastala čiastočná regenerácia.
S rozvojom mesta Trnava sa postupne odstraňovali lesné porasty. Posledný veľký lesný porast v okolí Trnavy, ktorý sa nachádzal na nive Parnej v priestore dnešného Bieleho Kostola a Ružindola, bol vyrúbaný v rokoch 1854 –1856. V súčasnosti za jediný zvyšok pôvodných nížinných lesov môžeme považovať lesík v Kamennom Mlyne.
Súčasná vegetácia Trnavy a jej okolia sa výrazne líši od pôvodnej. Najväčší podiel na zložení vegetácie územia Trnavy majú spoločenstvá, ktoré vznikli na umele vytvorených stanovištiach, poliach, záhradách, parkoch a okolí ciest.
V katastrálnom území Trnavy patria k najbežnejším porastom s drevinnou vegetáciou agát biely, v krovinnom poschodí baza čierna a vtáčí zob, v bylinnom poschodí pŕhľava dvojdomá a lipkavec obyčajný.

Plošne najväčší porast v trávovo-bylinného spoločenstva sa nachádza na ploche letiska. V poľných kultúrach okrem pestovaných druhov nachádzame mnoho burinových druhov (mak vlčí, horčica roľná, pupenec roľný, pýr plazivý,...).

Historický vývoj živočíšstva v Trnave

Vývoj našej fauny môžeme sledovať od treťohôr, kedy koncom tohto obdobia dochádza k zániku subtropickej a tropickej fauny. Väčšina živočíšnych druhov sa prispôsobila začiatkom štvrtohôr počas nasledujúcich ľadových období chladnému obdobiu.
Predstavitelia studenomilnej fauny: mamut severský, nosorožec srstnatý, jaskynný medveď, zajac belák, hraboš severský a líška polárna. V medziľadových obdobiach, v nižších polohách, teda i v okolí Trnavy, sa v tomto teplom a suchom období vytvorili stepné spoločenstvá živočíchov. Po poslednej dobe ľadovej dochádza ku konečnému ústupu severských druhov a k návratu teplomilnej fauny.

Významné nálezy:
kosti mamuta – Hlboká, Špačinská, Bučianska cesta
kosti nosorožca – Hlboká cesta
kosti koňa (žil v poslednej dobe ľadovej) – Modranka
V súčasnosti k hojne sa vyskytujúcim druhom vtáctva patrí:
hrdlička záhradná, drozd čierny, vrabec domový, kanárik poľný, stehlík pestrý,...
K hojne sa vyskytujúcim cicavcom patrí:
krt podzemný, myš domová, jež bledý, potkan hnedý,...

Percentuálne zastúpenie jednotlivých skupín stavovcov v intraviláne Trnavy:

Percentuálne zastúpenie jednotlivých skupín stavovcov v extraviláne Trnavy:

Chránené územia

Zaujímavým cieľom pre milovníkov prírody a oddychu uprostred ticha je chránený areál Trnavské rybníky. Predstavuje významný typ vodného a močiarneho biotopu na Trnavskej pahorkatine. Okolie rybníkov lemujú zvyšky lužného lesa. Prírodné bohatstvo Trnavských rybníkov je veľmi rozmanité. Najväčšiu pozornosť si zasluhujú vtáky. Ornitológovia doteraz na rybníkoch v lokalite Kamenný Mlyn zaznamenali výskyt 191 vtáčích druhov. Napr. kaňa močiarna, trsteniarik škriekavý, chriašteľ vodný, chriašteľ bodkovaný, cíbik chochlatý, potápka chochlatá,...

Veľký úspech zaznamenali Trnavskí ornitológovia 5. 5. 2003. Ako prví na Slovensku zaznamenali na Trnavských rybníkoch výskyt nového vtáčieho druhu trsteniarika krovinatého.

Chránené živočíchy: skokan zelený, hryzec vodný, hranostaj obyčajný,...
Z chránených rastlín sa tu vyskytuje: pálka širokolistá, pálka úzkolistá, kosatec žltý,...

Chránené stromy

V Trnave sú chránené dve lipy veľkolisté pri Kalvárii. Sú staré cca 260 rokov, vysoké 15 a 20 metrov. Obvod kmeňa vo výške 1,3 m dosahuje 502 a 555 cm.