Napriek tomu môžeme jeho územie rozdeliť do štyroch geografických oblastí:
Dolina a delta Nílu, ktorú oddeľuje Líbyjská púšť na západe od Arabskej púšte na východe a ázijská oblasť (Sinajský poloostrov).
Pomerne úzka dolina Nílu(1-3 km na juhu a 20-25 km na severe) sa hlboko zarezáva do vyzdvihnutých plošín obidvoch púští, v blízkosti ústia sa rozširuje a tvorí rozsiahlu deltu (približne 24 000 km2) rozprestierajúcu sa na pobreží od Alexandrie na západe po Port Said na východe. Na hornom toku vzniklo výstavbou 111 m vysokej Asuánskej priehrady rozsiahle Násirove jazero, ktoré zaplavilo údolie do vzdialenosti 300 km až na územie Sudánu. Je to hlavné územie osídlenia (98,9 % všetkého obyvateľstva) a poľnohospodárskej výroby. Oblasť delty sa od staroveku volá Dolný Egypt, oblasť doliny Horný Egypt.
Líbyjská púšť je pokrytá pieskom, štrkom a kameňmi. Znižuje sa od sudánsko – líbyjských hraníc, kde skalné vrcholky dosahujú takmer 2000 m, zo 700 - 1 000 m n. m. na juhozápade, na 350 až 500 m n. m. v strede a 100 – 250 m n. m. na severe. V depresívnych prepadlinách sú oázy. Najhlbšia je preliačina Kattara (133 m pod hladinou mora.
Súbežne s Nílom a Červeným morom sa tiahne dlhé pohorie tvorené s erudovanými vápencovými a pieskovcovými plošinami a masívmi, pokryté na miernejších západných svahoch Arabskou alebo tiež Východnou púšťou. Jeho juhovýchodná časť hraníc so Sudánom je považovaná za výbežok Etiópskej vysočiny. Najvyšším bodom je Šajid (2187m n. m.).
Najsevernejší výbežok Červeného mora tvorí Suezský záliv, spojený s Búr Saídom pri Stredozemnom mori 195 km dlhým Suezským prieplavom. Východne od prieplavu leží trojuholníkový Sinajský poloostrov vyplnený prevažne kamenistou vápencovou plošinou, ktorá sa na juhu zdvíha do žulového pohoria s najväčšími vrcholmi Egypta Džebel Katherina a Džebel Sinaj. Severnú časť pokrýva púšť a pozdĺž pobrežia sa tiahne úzka nížina.


Podnebie
Takmer celé územie Egypta leží v suchom subtropickom pásme. Prevažná časť jeho územia má vnútrozemské suché a horúce púštne podnebie. Vplyv Stredozemného mora zasahuje iba deltu vďaka vetrom vanúcim od mora. Rozlišujeme tu dve ročné obdobia. Letné obdobie bez zrážok trvá od mája, kedy teploty dosahujú aj 46°C (v tieni). Zimné obdobie trvá od novembra do apríla. V zimnom období sa teploty pohybujú na severe okolo 20°C a na juhu 30°C. Nastávajú tu tiež aj nočné mrazy. Teplotné rozdiely medzi dňom a nocou sa pohybujú okolo 18°C. V púšti môže nastať teplotný rozdiel až 40°C(počas dňa cez 40°C a v noci okolo 0°C). V Egypte prší v priemere iba 7 dní v roku. Priemerné ročné zrážky sú od 220 mm (Alexandria) a 33 mm na juhu od Káhiry, po 3 mm v oblasti Asuánu. Na púšti prší len raz za niekoľko rokov. Na jar vanie vietor Chamsín obyčajne od marca do mája s prestávkami 50 dní, ktorý vytrvalo zo Sahary prináša horúci vzduch, prach a púštne búrky. Iba severné pobrežie má miernejšie stredozemné podnebie.