Celá oblasť Pienin leží v dosahu dažďového tieňa a charakterizujú ju pomerne nízke úhrny zrážok, výška ktorých je v rozmedzí od 690 do 850 mm ročne, s minimom v zime a maximom v júni – júli.

Flóra Pieninského národného parku:
Rastlinstvo je druhovo bohaté a pestré. Podmieňuje to jednak vápencové podložie, veľká členitosť územia, a tým veľké mikroklimatické rozdiely, jednak blízkosť Belanských Tatier, čo uľahčovalo migráciu druhov do Pienin. Napokon stredná nadmorská výška, najmä pri zmenách klímy v poľadovej dobe, pri takej veľkej členitosti povrchu vyhovovala nielen nížinným , ale aj horským druhom.
Máme tri základné druhy rastlinných spoločenstiev: severné strany pohoria, južné svahy pohoria a samostatnú skupinu tvorí dolina Dunajca a priliehajúce nivné lesy. Pieniny nikdy neboli zaľadnené, a preto sa stali miestom výskytu vzácnych rastlín. Izolovanosť pohoria spôsobila, že sa tu vyvinuli pieninské endemity (druhy rastúce iba v tejto oblasti) a zároveň sa udržali druhy z dávnych dôb, ktoré tu majú veľmi izolované lokality. Najpozoruhodnejší endemický druh je králik Zawadského, je veľmi podobný sibírskemu druhu, a preto ho niektorí botanici považujú za identický, iní za odlišný. Medzi relikty doby predľadovej ako vzácnosť patrí borievka netata – chvojka kláštorská. U nás sa vyskytuje na nedostupných vápencových strminách Siedmich mníchov a Kače. Rebrica pyrenejsko–sibírska sa zo Slovenska udáva len z Pienin. Zo západokarpatských endemitov sa uvádza soldanelka karpatská, bodliak laločnatý, peniažtek lesný karpatský. Z karpatských endemitov to sú materina dúška sudetská, z karpatských subendemitov kurička Kitaibelova, kostihoj srdcovitý, nevädza mäkká. Z karpatsko – panónskych endemitov sa uvádza bodliak kopcový. Pieniny majú podobné rastlinstvo s Nízkymi Tatrami. Niektoré druhy sa sem zrejme splavili z Tatier, napríklad rožec tatranský. Z horských druhov tu rastú očianka soľnohradská, astra alpínska, horec jarný. Z teplomilných druhov tu rastie silenka hájna, nátržnik priamy, škarda odhryznutá.
Zo vzácnejších druhov sa uvádza čarovník alpínsky, plamienok alpínsky.
Vyskytujú sa tu zmiešané lesy (jedľa + buk), lokálny výskyt jedlín a smrečín. Značne rozšírenie smreka je však druhotné, a takisto ako porasty smrekovca a borovice. Na južných svahoch sú porasty lipy malolistej. Zastúpenie tu majú napríklad aj lieska obyčajná, javor mliečny, svíb krvavý, jarabiny vtáčia. Na vlhkých lúkach sa vyskytujú napr. praslička močiarna, páperník úzkolistý, iskerník prudký. Na mezofilných lúkach sa vyskytujú napr. nátržník rovný, ďatelina lúčna, králik biely. Zaujímavé sú aj porasty na štrkoviskách Dunajca. Tu prevládajú napr.