dosahujú druhy ako je napr. soldanelka karpatská, zvonovec ľaliolistý, zvonček maličký, prvosienka holá, muchovník vajcovitý. Najrozšírenejšou drevinou je buk, v južnej časti vedie severná hranica duba plstnatého. Miestami rastie dub plstnatý spolu s pôvodnou borovicou lesnou. Vyskytuje sa tu aj vzácna škumpa vlasatá. Na viacerých lokalitách sa nachádza tis obyčajný. Bohatosť druhovej skladby dokladajú aj niektoré druhy endemického charakteru.

Územie Javorníkov sa vyznačuje pestrejším zastúpením lesných spoločenstiev (bučiny, jedľové bučiny, bukové javoriny). Nachádzajú sa tu ešte prirodzené, floristicky pestré a zaujímavé trávnaté porasty, najmä horské lúky na hlavnom hrebeni Javorníkov, ale i hodnotné lokality pramenísk, slatinísk a prechodných rašelinísk, ktoré patria medzi najvzácnejšie biotopy. Práve na nich sa nachádza množstvo ohrozených rastlinných druhov. Predmetom ochrany sú aj zachovalé komplexy lesných porastov, medzi ktorými prevládajú jedľové bučiny a bukové javoriny s vyvinutým typickým lesným podrastom. Charakter rastlinstva je ovplyvnený geologickým podložím, ktoré vytvára podmienky najmä pre acidofilnú vegetáciu. Sekundárnymi spoločenstvami, ktoré vznikli v minulosti pričinením človeka sú lúky a pasienky, s mnohými kvitnúcimi druhmi rastlín, vo vyššich polohách sú chudobné horské psicové porasty. V lesoch a na ich okrajoch sa z chránených druhov nachádza snežienka jarná a soldanelka uhorská. Zriedkavo možno nájsť ľaliu zlatohlavú, vemenník dvojlistý, orlíček obyčajný, bežnejší horec luskáčovitý, z orchideí kruštík širokolistý a nenápadný bradáčik vajcovitolistý. Z výtrusných rastlín chvostník jedľovitý, plavúň obyčajný, plavúň pučivý, veľmi vzácne plavúnik sploštený, častejšie rebrovka rôznolistá. V lúčnych spoločenstvách sa z ohrozených druhov nachádza mečík obyčajný, z orchideí najmä vstavač mužský a vstavačovec bazový.

Z karpatských subendemitov sa v území nachádza na jar kvitnúca zubačka žliazkatá, ďalej zvonček hrubokoreňový, soldanelka uhorská, valeriána celistvolistvá, nevädza mäkká a šafran karpatský. Vtáčnik je súčasťou vulkanického Slovenského stredohoria. Pre Vtáčnik sú typické bukové porasty a zmiešané porasty buka a jedle. Vrchol Vtáčnika pokrývajú bukové porasty krovitého vzrastu, tzv. listnatá kosodrevina s pôvodným smrekom, v ktorej sa objavujú horské druhy rastlinstva, ako sú mačucha cesnačkovitá, kamzičník rakúsky, chlpaňa lesná, iskerník platanolistý, prilbica moldavská a pozoruhodný výskyt má škarda sibírska. Vzácne sa tu vyskytuje aj tis obyčajný. Z územia je známych okolo 120 druhov vyšších rastlín, niektorých chránených a zriedkavých, ako napr. prilbica moldavská, soldanelka uhorská, škarda sibírska a hniezdovka listová.

Tribeč patrí ku starým jadrovým pohoriam, pre ktoré sú typické dubovo - hrabové, dubové a vo vyšších polohách bukové lesy. Vzhľadom na svoju nadmorskú výšku, geologické podložie a expozíciu, Tribeč pokrývajú zväčša teplomilné rastlinné spoločenstvá. Rastú tu vzácne a chránené druhy ako peniažtek slovenský, hrdobárka páchnuca, hrachor benátsky, kosatec nízky, hlaváčik jarný, poniklec veľkokvetý, ľalia zlatohlavá a rad ďalších chránených druhov.

Xerotermné rastlinné spoločenstvá sú ohrozované antropogénnou činnosťou a zavliekaním ruderálnych a inváznych druhov rastlín. K znižovaniu stability ekosystémov dochádza najmä Karpaty majú pestré rastlinné spoločenstvá, horských druhov je menej kvôli relatívne nízkej nadmorskej výške pohoria. Južné až juhozápadné exponované svahy majú často charakter stepí a lesostepí a vznikli v mnohých prípadoch antropogénnou činnosťou. Na týchto lokalitách sa formovali xerotermné biotopy.

Vegetácia xerotermných porastov – kavyľových stepí často podľahla rozoraniu (okolie Vrboviec, Žalostinnej, Ostrého vrchu), preto sú druhy ako je kavyľ ten v poľnohospodársky využívanej krajine, kde sa pôvodné, často veľmi vzácne spoločenstvá neuvážene likvidovali odvodňovaním, zmenou obrábania (jednokosné lúky s bohatou druhovou diverzitou ustúpili intenzívnym, hnojeným, avšak druhovo veľmi monotónnym trávnym spoločenstvám) Z územia sa vytráca kosenie a usmernené pasenie, čo je samozrejme na úkor rozšírenia mnohých ohrozených druhov rastlín i živočíchov.

K najviac ohrozeným nelesným spoločenstvám patria vodné, močiarne a pramenné spoločenstvá, slatiny, vlhké lúky a pasienky, xerotermné travinno – bylinné biotopy, mezofilné lúky, teplomilné stoklasové lúky, spoločenstvá archeofytov a ekotonálne lemové spoločenstvá.