Intenzifikácia lesného hospodárstva, zintenzívnenie ťažby, výsadba monokultúr, introdukcia genofondovo a typologicky nepôvodného sadbového materiálu ohrozuje pôvodné lesné spoločenstvá na území kraja. Existenčne ohrozované výrubmi stromov, znečisťovaním odpadkami a odvodnením okolitých polí sú zvyšky pôvodného tvrdého lužného lesa.
K najviac ohrozeným lesným spoločenstvám patria okrem lužných lesov podhorských a horských, obmedzených v súčasnosti len na brehové porasty, vyvinuté na nivách vodných tokov aj zvyšky teplomilných dubovo – cerových lesov, sutinové javorové horské lesy a ostrovčeky lipovo – javorových lesov. V súčasnosti značný počet rastlinných druhov flóry Slovenska je považovaný za ohrozený.

Kriticky ohrozené druhy rastlín

Anacamptis pyramidalis
Červenohlav ihlanovitý

Dactylorhiza fuchsii
Vstavačovec Fuchsov

Dactylorhiza fuchsiissp.sooiana
Vstavačovec Fuchsov

Dactylorhiza fuchsiissp.sooiana
Vstavačovec Fuchsov Soóov

Dactylorhiza maculata
Vstavačovec škvrnitý

Epipactis placentina
Kruštík piačenský

Gymnadenia conopsea ssp.densiflora
Päťprstnica obyč. hustokvetá

Himantoglossum adriaticum
Jazýčkovec jadranský

Iris graminea
Kosatec trávolistý

Ophrys holubyana
Hmyzovník holubyho

Ophrys sapifera
Hmyzovník včelovitý

Tephroseris longifolia
Starček dlholistý


Kriticky ohrozené živočíšstvo
c - kriticky ohrozené.
Druhy, ktorých sa dotýkajú medzinárodné dohovory sú v zozname označené takto:
B – Bonnský (Dohovor o ochrane sťahovavých druhov voľne žijúcich živočíchov)
R – Bernský (Dohovor o ochrane európskych voľne žijúcich organizmov a prírodných stanovíšť)
W – Washingtonský (CITES)