Do protestantských Košíc sa provizórne nasťahovala kapitula rímskokatolíckej cirkvi, pretože jej pôvodné sídlo Jáger dobyli 11. októbra 1596 Turci. To bol začiatok aktívnej protireformácie. Cisár Rudolf II. Vydal 11. novembra 1603 listinu, ktorou poveril hlavného kapitána mesta, aby protestantom odňal Dóm a kaplnku sv. Michala a dal ich do správy novozriadenej kapituly. V januári 1604 tak urobil. Koncom jesene toho istého roku vstúpil do mesta Štefan Bočkaj, ktorý vrátil kostol protestantom. Po jeho nečakanej smrti sa mesto vrátilo do cisárskych rúk. Začiatkom septembra 1619 Košice obsadili vojská sedmohradského kniežaťa Gabriela Betlena. Onedlho boli z náboženskej nenávisti zavraždení traja katolícki duchovní Marek Križín, Melichar Grodecký a Štefan Pongrác.
Zásluhou jágerského biskupa Benedikta Kišdyho vzniká Košiciach jezuitská univerzita (1657), ktorú v r. 1660 cisár Leopold I. zrovnoprávnil s ostatnými európskymi univerzitami. Pre jej potreby vznikal v r. 1671-84 univerzitný kostol. Koncom 17. storočia vypuklo v časti Uhorska povstanie vedené Imrichom Tokolim. Jeho vojská dobyli Košice v r. 1683. Pol druha roka boli v rukách povstalcov, potom ich znovu obsadili cisárske vojská. V neďalekom Prešove nasledoval v r. 1687 súd a popravy známe ako prešovské jatky, ktoré mali odstrašiť potenciálnych buričov v budúcnosti. Vojenský súd pod vedením talianského generála Caraffu odsúdil na smrť 24 protestantov, medzi nimi aj košického richtára Davida Feja a mäsiara Samuela Lániho. Zopakovala sa tak situácia spred 68 rokov, ale v opačnej réžii. 14. októbra 1706 vstúpil do mesta medzi Košičanmi veľmi populárny vodca posledného zo série stavovských povstaní František Rákocsi. Jeho vojská držali mesto do jesene 1704. Po porážke jeho stúpencov vtiahli 20. apríla 1711 do Košíc cisárske vojská, čím stavovské povstania definitívne skončili. Magistrát stratil svoj vplyv vo veciach mesta a rozhodujúce slovo mal dosadený miestodržiteľ.
V r. 1780 mali Košice asi 8200 obyvateľov. V tomto roku prevládal akýsi rozmach, počas ktorého sa obnovovali všetky kláštory a tiež sa stavali nové objekty napr. terajšie štátne divadlo. V roku 1773 bol zrušený jezuitský rád, o rok na to Spišská komora a v roku 1787 odišli františkáni. Začiatkom 19. storočia bola zriadená katolícka diecéza. Ožíva hospodárstvo, remeselnú a manufaktúrnu výrobu zatláča do úzadia priemyselná výroba. Konjunktúra hospodárstva nastáva i ako dôsledok napojenia sa mesta na dôležité železničné trate (Budapešť - Miškovec 1860) o 10 rokov na Košicko-bohumínsku železnicu. Na prelome 19. a 20. storočia mali Košice 44 211 obyv. a patrili medzi najpriemyselnejšie mestá Uhorska. Po 1. sv. vojne, rozpade Rakúsko-Uhorska sa Košice stali súčasťou Československej republiky, administratívnym, kultúrnym a školským centrom východného Slovenska.
V roku 1938 po mohutnej manifestácii národov východného Slovenska za účasti Klementa Gottwalda bola zorganizovaná KSČ. Vyjadrila odhodlanie ľudu bránit vlasť pred agresiou fašistického Nemecka - 2. november - začiatok horthyovskej okupácie mesta. Až po velkej tagédii občanov židovského pôvodu boli Košice oslobodené. Bolo to 19. januára 1945 keď vojská IV. Ukrajinského frontu pod vedením armádneho generála I. P. Petrova. Na to 4. apríla sa Košice dočasne stali hlavným mestom oslobodenej Československej republiky a ďeň neskôr tu bol vyhlásený Košický vládny program, dohoda, ktorá mala určiť vývoj povojnovej republiky.
Po vojne mali Košice 51 000 obyv. a dnes majú 5-krát viac. Naše mesto vyrástlo na štvrťmiliónové moderné mesto, druhé najväčšie v republike, ekonomické, kultúrne a spoločenské centrum východného Slovenska. V posledných rokoch neuveriteľne krásnie a ekonomicky silnie do rozmerov, ktoré z roka na rok umocňujú jeho postavenie v stredoeurópskom priestore.
