Ovplyvňuje to vývoj rastlinstva a živočíšstva. Pôdy sú diferencované podľa geologického podložia a reliéfu. Na vápnitých horninách sú rendziny, na flyšových pieskovcoch hnedé lesné pôdy. Rendziny sú plytšie a veľmi kamenité. Hnedé pôdy sú hlbšie a majú dobrú zásobu minerálnych živín. Odrazom osobitných pôdnych a klimatických pomerov je flóra územia. K najznámejším endemitom Pienin patria králik Zawadského pravý, púpava Hoppeho pieninská, rebrica pyrenejská sibírska a arábka chocholíkatá. Zo západokarpatských endemitov tu nájdeme klinček lesklý, horčičník Wittmanov, rožec tatranský, bodliak sivý, bodliak laločnatý, soldanelku karpatskú, chrastavca Kitaibelovho a iné. Zo vzácnejšich a zriedkavých druhov sa vyskytujú dryádka osemlístková, arábka alpínska, lipnica alpínska, iskerník veľhorský, ktoré nájdeme v susednom TANAP-e. Z teplomilných druhov sú zastúpené trčník hmyzonosný, bodliak kopcový, jagavka vetvistá, prerastík kosákovitý a iné. V lesných spoločenstvách z podhorských druhov rastú srnovník purpurový, deväťsil biely, kokorík praslenatý a iné, z horských druhov sú najmä mačucha cesnačkovitá, mliečivec alpínsky, podbelica alpínska, papradka a iné. Okolo potokov rastú vŕby a jelša sivá. Zo starých a pamätných stromov sú najznámejšie lipy v Červenom Kláštore a Veľkom Lipníku.


Fauna
Žije tu niekoľko druhov mäkkýšov, z hmyzu kobylka vrchovská a iné. Z motýľov je tu zastúpený jasoň červenooký, z chrobákov fúzač alpínsky, z hlodavcov ryšavka krovinná, plch záhradný, myšovka vrchovská a iné. Z vtáctva je rozšírený drozd kolohrivý, ďubník trojprstý, orešnica perlavá, myšiak hôrny, orol krikľavý, bocian čierny, jariabok hôrny, hlucháň obyčajný a iné. Z vodných a pri vode hniezdiacich sa vtákov žije v povodí Dunajca kalužiarik malý, kačica divá, kulík riečny, rybárik obyčajný a iné. V skalných stenách hniezdi murárik červenokrídli, skaliar pestrý, vrchárka červenkavá, skaliarik sivý a iné. V lesoch žije rys osrovid, mačka divá, kuna hôrna a iné. Počet jelenej, srnčej a diviačej zveri je primeraný potravinovým zdrojom. V povodí Popradu a Dunajca žije vydra riečna. V potokoch sa vyskytujú lososovité a iné ryby.

Jedinečné územie Pienin s bohatou a pestrou faunou i flórou má medzinárodný význam. V budúcnosti bude Správa PIENAP-u vynakladať zvýšené úsilie na zastavenie ďalšej antropizácie prírody, aby sa zachovali a zveľadili pôvodné a prirodzené spoločenstvá rastlín a živočíchov.