V období, keď NS bojovala o moc, bol apartheid heslom, ktoré znamenalo výrazné zosilnenie rasovej diskriminácie a fašizácie politického režimu. Neskôr, keď vytvorili vládu, začali ideológovia NS formulovať „teoretickú základňu“ tohto hesla a stále podrobnejšie vysvetľovať, aké konkrétne formy má mať „oddelená existencia a vývoj“ v praxi a akými metódami sa má uskutočňovať.
Za hlavnú tézu prehlásili neprípustnosť rasovej integrácie. Nacionalisti špekulovali s náboženským cítením Afrikáncov, ktorí boli vo väčšine presvedčení kalvinisti náležiaci k holandským reformným cirkvám a z krajných rasistických pozícií interpretovali bibliu a kalvínske učenie, hlavne myšlienky osudu a predurčenia. Stranícki ideológovia tvrdili, že každej rase je zhora daný osobitý osud, cesta vývoja, a teda aj spôsob života. Z toho vyplývalo, že európsky spôsob života sa údajne nehodí pre Afričana a africký spôsob života sa nehodí pre Európana; že každá rasa môže dosiahnuť rozvoj len vtedy, ak pôjde vlastnou cestou, ktorá im bola určená. Asimilácia, strata „čistoty krvi“ alebo porušenie predurčeného spôsobu života znamená pre každú rasu alebo národ osudný ústup z cesty. Biela „vyššia rasa“ v takom prípade degraduje. Apartheid, t.j. rasové oddelenie, poskytuje jediné správne riešenie rasového problému.
Na základe týchto úvah početní stúpenci apartheidu tvrdili, že ak má každá rasa svoju špecifickú, len jej vlastnú cestu vývoja, výdobytky európskej civilizácie môžu používať len Európania a Afričania môžu žiť len vo svojom „tradičnom“ rodovom kmeňovom zriadení. Moderná kultúra a všestranné vzdelanie sa prehlasovali za monopol bielej rasy a tvrdilo sa, že Afričanom môžu len uškodiť , lebo ich to odvádza od bohom stanovenej cesty.
Stúpenci apartheidu hlásali, že ak rasové skupiny budú žiť oddelene a kontakt sa obmedzí na minimum, predíde sa vzájomným nepriateľským a krvavým zrážkam. Úrady prehlásili svoju teóriu za jedinú reálnu záruku rasového mieru a obviňovali jeho odporcov, že podnecujú rasové roztržky.
Keby sa apartheid realizoval v plnom rozsahu, nemali by sa využívať iné, ako biele pracovné sily. Celé juhoafrické kapitalistické hospodárstvo však spočívalo na práci černochov. Nacionalisti teda museli pochopiť, že hospodárstvo krajiny je plne závislé od práce Afričanov. Daniel Malan ako ministerský predseda prehlásil, že priemysel nebude ochudobnený o africké pracovné sily. Apartheid tým pádom nesmeroval hneď od začiatku k úplnému oddeleniu, ale k tomu, aby sa upevnilo podriadené postavenie nebielych tak, aby sa dala uplatňovať akákoľvek forma vykorisťovania.
Apartheid nemožno v JAU považovať za jav svojou podstatou nový.