Leto je tu suché a teplé, zima prináša dažde a búrky, nikdy však nie mraz a sneh; ten sa vyskytuje len vo vysokohorských polohách. Podnebie vnútorných náhorných plošín je kontinentálne: od apríla do septembra tu teplota klesá až pod bod mrazu, vo vysokých horách až pod -10ºC; dažďové zrážky sú v tomto období nepatrné a vyskytujú sa hlavne v lete, t.j. od decembra do marca.
JAR má vysoký počet slnečných dní. Slnečný svit dosahuje v juhozápadnom Kapsku priemerne 245 dní v roku; denný priemer je 7 hodín 51 minút, na Witwatersrande 9 hodín 7 minút.
Objem dažďových zrážok je priamo ovplyvňovaný nadmorskou výškou a reliéfom hôr. Ročný priemer nad 650 mm má iba asi štvrtina rozlohy krajiny – jej východná časť a malé oblasti v južnom Kapsku. Časť Dračích hôr a svahy kapských pohorí, obrátené k moru, vykazujú v priemere 1500 mm ročne. Západné svahy a vnútrozemie ležia v pásme dažďového tieňa, ktorý silnie smerom na západ. Západná polovica JAR má ročný priemer zrážok menej než 250 mm. Väčšina zrážok spadne v novembri až v apríli, keď vyparovanie dosahuje maximum. Len v juhozápadnom Kapsku sú v zime dažde, zatiaľčo leto je suché. V úzkom páse pozdĺž východného pobrežia sú zrážky rozdelené rovnomerne na celý rok. Zimné dažde sú spravidla drobé a vytrvalé, letné sú doprevádzané prietržami, búrkami a monohokrát aj krupobitím. Nerovnomernosť zrážok a časté letné prívaly sú hlavnou príčinou vysokého stupňa erózie pôdy.


Pôdy

V severných oblastiach JAR, kde dažďové zrážky nepresahujú 400 mm ročne, pravláda neúrodná alkalická piesčitá pôda, postrádajúca väčšinou humusové vrstvy. Na Vysokom Velde a v niektorých oblastiach východného Kapska sa vyskytujú podzoly, taktiež chudobné na humus. na severovýchode prevládajú černozeme, hnedozeme, červenohnedé a sivé pôdy.
Pre poľnohospodárske účely je vhodných len asi 8% z celkovej rozlohy republiky. Je to spôsobené nerovnomerným rozložením dažďových zrážok, čo malo za následok vznik veľkých púští a polopúští. Sucho, vodné prívaly a nesprávny spôsob obrábania pôdy hlavne v rezerváciách majú za následok jej eróziu, ktorá spôsobuje veľké škody: podľa niektorých odhadov stratila JAR v rokoch 1920-1945 takmer štvrtinu predtým obrábanej pôdy. Iným záporným rysom väčšiny pôd v JAR je nedostatok fosforu, ktorý musí byť kompenzovaný umelými fosforečnými hnojivami.


Rastlinstvo a živočíšstvo

Odlišné typy podnebia a rozdiely v objeme zrážok majú bezprostredný vplyv na charakter juhoafrickej flóry.