Po vypuknutí 2. sv. vojny časť Afrikáncov nesúhlasila s rozhodnutím vlády postaviť sa po boku britských vojsk proti Nemecku. V roku 1948 zvíťazila vo voľbách afrikánska Národná strana a začala zavádzať politiku apartheidu, oddeleného vývoja etnických skupín. Pre čiernych Afričanov bolo zriadených 10 černošských štátov, tzv. „homelands“ alebo „domovín“, z ktorých 4 sa na prelome 70-80. rokov vyhlásili za zvrchované (tzv. bantustan), ale okrem juhoafrickej vlády ju žiadny iný štát diplomaticky neuznal. Ich celková rozloha zaberala iba jednu devätinu plochy Južnej Afriky. Diskriminovaní boli i Indovia, ktorí prišli do Južnej Afriky v druhej pol. 19. stor. ako nádenníci na cukrové plantáže v Natale. Podobne trpeli stratou občianskych práv i miešanci tzv. farební, ktorých je najviac v Kapsku. Dôsledná rasová segregácia sa v praxi nemohla uskutočniť, lebo čierny robotníci často pracovali s bielymi, hlavne v baniach a továrňach. Černosi však nemohli zastávať kvalifikovanú prácu a ich mzdy boli podstatne nižšie. Vo veľkých mestách, napr. v Johannesburgu, vznikli v blízkosti centra rezidenčné štvrte pre bielych Juhoafričanov, zatiaľ čo na periférii sa rozrastali chudobné černošské sídliská ako Soweto. Dňa 31.5.1961 sa Južná Afrika jednostranne vyhlásila republikou a prestala byť členom Britského spoločenstva. Odpor proti apartheidu bol potom stíhaný stále tvrdšie a v roku 1976 došlo pri potlačení vzbury černošskej mládeže v Sowete, ktorá začala ako protest proti používaniu afrikánčiny na základných školách, k usmrteniu a ťažkým zraneniam stoviek ľudí. Vedúci predstaviteľ najdôležitejšej opozičnej černošskej strany Afrického národného kongresu (ANC) Nelson Mandela (narodený 1918) bol okrem iného na nátlak svetovej verejnosti v roku 1990 prepustený z väzenia, kde strávil 27 rokov. Vtedajší prezident Willem de Klerk (narodený 1936) sa v tom roku rozhodol skončiť s politikou apartheidu a ANC a ako odplatu sľúbil zastaviť ozbrojené útoky partizánskeho typu, ktoré 30 rokov organizoval proti Juhoafrickej vláde. Referendum belošského obyvateľstva v roku 1992 schválilo postup de Klerka a súhlasilo z vypracovaním novej ústavy, ktorá po schválení všetkými politickými subjektami v rátane ANC a prevažne Zuluskej Strany slobody Inkatha prišla do platnosti ešte pred prvými všeobecnými demokratickými voľbami, ktoré sa uskutočnili v apríly 1994. Zároveň bolo dohodnuté, že nová vláda národnej jednoty bude zostavená bez ohľadu na volebné výsledky.