Za nábožensky tolerantných Mallov sa v Nepáli spojil hinduizmus s budhizmom v dnešnú ťažko rozlíšiteľnú zmes. Zem sa rozdelila na mnoho nezávislých štátov, v káthmandskom údolí vyrástli tri slobodné kráľovské mestá: Káthmandú, Patan a Bhaktapúr. Káthmandské údolie zjednotil až v roku 1372 mallský vládca Džajasthítí.
V neskorších rokoch narastala moc susednej kráľovskej dynastie Šáhov z ríše Gorkha (blízko dnešnej Pokhary). Ich vládca Prithví Narájan ovládol v roku 1768 káthmandské údolie a presunul svoje sídlo do Kathmándú. Na krátko zjednotenú nepálsku ríšu napadli koncom 18. storočia Číňania, ktorým potom musel Nepál platiť až do roku 1912 výkupné. Spory o úrodnú nížinu viedli začiatkom 19. storočia k vojne s koloniálnou správou britskej Indie. Zabrané územia Briti vrátili až výmenou za pomoc Nepálu pri potlačení veľkého indického povstania v roku 1858. Angličania Nepál nikdy neovládli, ale príslušníci jedného z nepálskych kmeňov, bojovníci Gurkhovia tvorili od tej doby povestné elitné jednotky britských vojsk.
V roku 1846 previedol predseda vlády Jung Bahádur krvavý a úspešný palácový prevrat, vďaka ktorému vystriedala dynastiu Šahov na tróne dynastiu Ránov. Jung Bahádur sa potom prehlásil za dedičného maharadžu a Šahovia sa stali zajatcami vo vlastnom kráľovstve. Za viac než storočnej dedičnej vlády Ránov bol Nepál stagnujúcou himalájskou krajinou, izolovanou od zvyšku sveta, kam cudzinci nesmeli. Ešte v 50 rokoch nemalo Káthmandú okrem karaván žiadne dopravné spojenie s okolitým svetom. Prvé lietadlo pristálo v zemi v roku 1951, diaľnica do Indie bola otvorená v roku 1956.
Prvým západným horolezcom bol síce prístup do Nepálu povolený už začiatkom 20. storočia, masové dobývanie himalájskych vrcholov ale začalo až po 2. svetovej vojne. V máji 1953 vystúpil Novozélanďan Hillary so Šerpou Tenzingem na Mt. Everest. Koncom 60 rokov sa v Nepáli objavili prvý turisti a trekkeri. Káthmandú sa vtedy stalo na niekoľko rokov Mekkou hippies.
S postupným obnovovaním demokracie začal Nepál v roku 1950. Kráľovi Tribhuvanovi z dynastie Šahov sa vtedy podarilo z domáceho väzenia v Nepáli utiecť do Indie. S pomocou nepálskej opozičnej Kongresovej strany sa mohol o rok neskôr vrátiť späť a ujať sa trónu. V krajine sa objavili prvé náznaky demokratickej vlády. Po Tribhuvanovej smrti ale nechal jeho syn Mahédra uväzniť všetkých členov kabinetu. Zakázal politické strany a zaviedol v krajine tzv. pančaját, vládu s pomocou lokálnych dedinských šéfov. V roku 1972 nastúpil na trón jeho syn Bíréndra.