Ľudová organizácia Juhozápadnej Afriky (South-West African People´s Organisation – SWAPO), najsilnejšia organizácia černošského obyvateľstva, sa spočiatku márne domáhala účasti na štátnej správe a možnosti zúčastniť sa volieb v krajine, a preto od roku 1966 vyhlásila boj za dosiahnutie nezávislosti. OSN uznala v roku 1973 SWAPO za jedinú zákonnú predstaviteľku Namíbie. Prechod k nezávislosti sa mal uskutočniť po dohľadom Juhoafrickej republiky. Roku 1983 sa Namíbia znovu dostala pod priamu správu Juhoafrickej republiky a ďalší vývoj bol poznamenaný konfliktmi, pri ktorých musela zasahovať rada bezpečnosti OSN. Po jednaní zainteresovaných štátov v roku 1988 bola podpísaná zmluva medzi Juhoafrickou republikou, Angolou a Kubou o urovnanie situácie v Namíbií. Podľa nej mali juhoafrické jednotky odísť z tejto krajiny v náväznosti na odchod kubánskych vojsk z Angoly.
1.apríla 1989 do Windhoeku v Namíbií dorazilo 4500 mužov jednotiek Organizácie spojených národov. Ich úlohou malo byť zabezpečenie vyhlásenia nezávislosti tejto bývalej nemeckej kolónie od Juhoafrickej republiky. Namíbia bola poslednou kolóniou na africkom kontinente. Uskutočňovanie plánu OSN začalo prímerím medzi vojenskými jednotkami Juhoafrickej republiky a ľudovým hnutím za nezávislosť Namíbie SWAPO. Na základe tohto plánu bola v apríli 1990 vytvorená vláda, čím formálne vstúpila v platnosť nezávislosť krajiny. Boli anulované rasové diskriminačné zákony a zabezpečenia repatriácie približne 41000 angolských a namíbijských utečencov. Voľby do ústavodarného zhromaždenia sa uskutočnili 1. novembra, SWAPO v nich získalo 57 % hlasov. 31.1.1990 vyhlásilo Národné zhromaždenie nezávislosť a 16.1. bol za prezidenta zvolený predseda SWAPO Sam Nujoma, ktorý 21.3.1990 zložil prezidentský sľub do rúk generálneho tajomníka OSN. Tým sa v Afrike skončila existencia posledného štátu pod cudzou nadvládou.
Do februára 1994 bola enkláva zahrňujúca hlavný prístav Walvis Bay spravovaná Juhoafrickou republikou. V roku 1994 sa uskutočnili prvé namíbijské slobodné voľby. Nujoma bol znovuzvolený a SWAPO získala 53 zo 72 miest v Národnom zhromaždení. Opozícia zastupovaná DTA (Democratic Turnhalle Alliance) získala 15 miest. Nujomova správa podporovala zdravú rozvíjajúcu sa ekonómiu a pozdvihla rešpekt pre ľudské práva. Nujoma vyhral aj tretie prezidentské voľby v decembri 1999, kde porazil bývalého člena SWAPO Bena Ulenga, dnes člena COD (Congress of Democrats). SWAPO dominovalo aj týmto voľbám, získajúc 55 miest v Národnom Zhromaždení.