Množstvo protestantov zo západnej Európy sa v tej dobe usadilo v Bratislave a evanjelici si postavili nemecký, slovenský a maďarský kostol.
S protireformáciou sa do mesta dostalo barokové umenie. Bratislava bola vtedy nielen hlavným, korunovačným a najväčším mestom Uhorska, ale i mestom prosperujúcim. V barokovom slohu postavili rad kostolov a kláštorov (kostol sv. Trojice, kláštor Milosrdných bratov, kostol sv. Alžbety, kaplnka sv. Jána Almužníka pri dóme), všetky významné rodiny si vybudovali paláce (Primaciálny palác, Pálffyovský, Mirbachov, Balassov) a prekrásnou ukážkou meštianskej architektúry je rokokový Dom u dobrého pastiera. Bratislavské stavby po výtvarnej stránke úzko nadväzovali na vývoj viedenského baroka. Veď i sochárske a maliarske práce tu vytvárali najlepší umelci cisárskeho dvora. Napríklad Donnerove súsošie sv. Martina na koni, ktorý sa delí o svoj plášť so žobrákom (pôvodne umiestené na hlavnom oltári v dóme) je považované za vrchol zaalpského barokového sochárstva. Mestské výsady a Erb

Najstaršie mestské privilégiá udelil Bratislave pred viac ako sedemsto rokmi (1291) kráľ Ondrej III. Tieto výsady boli vlastne dovŕšením predchádzajúceho vývoja mesta a legalizovanie už jestvujúcej spoločenskej a ekonomickej situácie. Privilégiá zaručili obyvateľom veľké politické, hospodárske a správne výsady. Mešťania sa stali nezávislí. Mohli si slobodne voliť richtára, mestskú radu a súdne nepodliehali nikomu inému v krajine, len svojmu mestu a panovníkovi.
V bratislavskom mestskom erbe sú na červenom štíte strieborné hradby s tromi vežami, v strede je brána s povytiahnutou mrežou. Erb pochádza z polovice 13. storočia a bol potvrdený erbovou listinou cisára Žigmunda Luxemburského roku 1436. Je európskou raritou, že erbovú listinu si mešťania dali vyhotoviť v dvoch exemplároch. Odborníci tvrdia, že dôvodom takejto "poistky" bolo zničenie najstarších mestských listín pri dobytí Bratislavy Přemyslom Otakarom roku 1236. Možno teda predpokladať, že ani výsady z roku 1291 nemusia byť najstaršie.

Academia Istropolitana

Prvou známou bratislavskou školou bola stredoveká kapitulská škola. Bratislavskí študenti navštevovali univerzity v celej Európe a prvú kompletnú univerzitu (s fakultou artistickou, teologickou, právnickou a lekárskou) v celom kráľovstve založili rozhodnutím pápeža Pavla II. roku 1465 v Bratislave. Univerzitu nazvali Academia Istropolitana - teda akadémiou Dunajského mesta.