Počas sťahovania národov v 3.-5. st dochádza k úpadku mesta pod vedením Ostrogótov, čo vrcholí v 5st zničením mesta zemetrasením. V 4.-6. st sa do mesta šíri kresťanstvo, stavajú sa kostoly a krstiteľnice. V r. 537 patril pod Byzantskú ríšu a rozvíjala sa tu predovšetkým námorná doprava. Po páde Salony (r. 645 – nájazdy Avarov a Slávov, najväčšie mesto na Jadranskom pobreží a sídlo Rímskej Dalmácie) sa stáva hlavným mestom Dalmácie (od 7. po 9.st), pretože ako jediné mesto na ostrove je schopné zabrániť nečakaným útokom z pevniny. Začiatkom 9. st patril pod Franskú ríšu. Aachenským mierom v r. 812 bol vrátený Byzancii. Jednania sa zúčastnil aj zadarský biskup Donat. V 10.-11. st majú vlastnú moc nad mestom chorvátski vládcovia, mesto sa rozvíja a mnohí ľudia cestujú do Zadaru za prácou. V r. 1069 po dohode s Konštantínopolom kráľ Petar Krešimir IV pripojil mesto k svojmu kráľovstvu. Po tom, čo v r. 1089 zomrel chorvátsky kráľ Dmitar Zvonimir padlo mesto pod nadvládu Maďarov. Už počas tohto obdobia sa Benátkam nepáči rozvoj mesta a jeho rozvíjajúci sa vplyv, a tak sa snažia získať mesto pre seba. Behom storočí mení svojich pánov. Bolo to jeho osudom. Vzdali sa aj jeho materského jazyka. Avšak predsa sa dočkal pápeža Alexandra III v r. 1177 „cum canticis illyricis“ – ľudia ho vítali chorvátskymi piesňami. Bol neúnavný v ochrane svojich práv a svojej slobody. Štyristo rokov vzdoroval Benátkam. V r. 1358 podpísali mierovú dohodu Louis I z Anjou a Benátky v prospech maďarsko-chorvátskeho kráľa. Obdobie 11.-14. st sa, aj napriek množstvu nečakaných útokov a utrpeniu, pokladajú za zlaté časy Zadaru. Stavajú sa nové kostoly napr. kostol sv. Anastázie (Sv. Stošija), mnohé budovy, verejné budovy, kláštory. V 15st prichádza k problému, kto sa dostane na trón a s ním k oslabeniu mesta. Uhorský a Chorvátsky kráľ Ladislav Neapolský, vidiac úpadok mesta, predal 31.7.1409 pobrežné osady vrátane Zadaru spolu so všetkými fiktívnymi právami na Dalmácii Benátčanom za 100 000 zlatých dukátov. Benátčania tu potom boli pánmi 400 rokov až do pádu Benátskej republiky za Napoleonovho ťaženia. Počas 16-17st sa pod hrozbou tureckej invázie stavajú nové opevnenia, no aj napriek tomu vplyvom úpadku remesiel a moru dochádza k celkovému úpadku mesta. Turci však mesto aj napriek 150 ročným snaženiam nikdy nepokorili. Za Napoleona a francúzskej nadvlády v r. 1806-13 bol Zadar súčasťou tzv. Ilýrijských provincií. Francúzov od 7.12.1813 až do konca 1sv vojny vystriedali Rakúšania. V r.