Quando i Turchi sconfissero l'Ungheria all'inizio del XVI secolo, la capitale magiara fu trasferita da Buda a Bratislava. Solo nel 1686 la presenza ottomana fu definitivamente respinta a sud del Danubio. La formazione dell'impero austro-ungarico nel 1867 rese l'Ungheria indipendente nelle questioni interne e in Slovacchia fu avviata una politica di 'magiarizzazione' forzata tra il 1868 e il 1918. Nel 1907, l'ungherese divenne l'unica lingua utilizzata per l'istruzione elementare. In reazione a ciò, gli intellettuali slovacchi stabilirono legami culturali più stretti con i Cechi, a loro volta sudditi austriaci. Il concetto di un singolo stato ceco-slovacco nacque per scopi politici e, dopo la sconfitta dell'impero austro-ungarico nella prima guerra mondiale, Slovacchia, Rutenia, Boemia e Moravia furono unite per formare la Cecoslovacchia. Le tendenze centralizzatrici dei Cechi infastidirono molti Slovacchi e, dopo l'accordo di Monaco del 1938 che obbligò la Cecoslovacchia a cedere parte dei propri territori alla Germania, la Slovacchia dichiarò la propria autonomia. Il giorno prima che le truppe di Hitler invadessero il territorio ceco, nel marzo del 1939, fu istituito uno stato fantoccio guidato da monsignor Jozef Tiso (giustiziato nel 1947 come criminale di guerra) e la Slovacchia divenne un alleato dei Tedeschi. Nell'agosto 1944, i partigiani slovacchi diedero vita alla Rivolta nazionale slovacca e occorsero diversi mesi ai nazisti per soffocarla. Agli inizi del 1945, due mesi prima della liberazione di Praga e nell'imminenza dell'avanzata russa, fu formato a Kosice un governo cecoslovacco. La seconda Cecoslovacchia, costituita dopo la guerra, avrebbe dovuto avere carattere federale, ma con la salita al potere dei comunisti nel febbraio 1948, l'amministrazione fu ancora una volta concentrata a Praga. Molti di coloro che si opposero alla nuova dittatura comunista furono spietatamente eliminati, torturati o fatti morire di fame nei campi di lavoro. Sebbene la costituzione del 1960 garantisse a Cechi e Slovacchi pari diritti, solo le riforme della 'Primavera di Praga' del 1968 introdotte da Alexander Dubcek rafforzarono questo concetto. Nell'agosto del 1968 le truppe sovietiche intervennero per sopprimere le riforme democratiche e nonostante Repubblica ceca e Slovacchia fossero teoricamente membri paritari della confederazione, il potere restò a Praga. La caduta del comunismo in Cecoslovacchia nel 1989 portò alla rinascita del nazionalismo e a tumulti per ottenere l'autonomia della Slovacchia.