Horné a stredné toky japonských riek sú úzke a kamenisté, v dolných, miernejších tokoch sú korytá širšie a s mohutnými hrádzami. Rieky pretekajúce veľkými mestskými aglomeráciami majú brehy upravené tak, aby mohli slúžiť na športové a rekreačné účely. Z hľadiska riečnej dopravy je význam riek minimálny. V dolných tokoch sú splavné len rieky Jodo v Ósake, Sumina v Tokiu, Šinano v Niigate a Tone. Rieky sa však využívajú na iné hospodárske účely. Na mnohých sú postavené priehrady slúžiace na výrobu elektrickej energie, zachytávajú prívalové vody v období dažďov a sú zdrojmi vody pre poľnohospodárstvo, priemysel a mestské aglomerácie. Pre oblasť Tokia sú mimoriadne dôležité rieky Sumida, Ara, Edo a Tama, pre oblasť Nagoje sú to rieky Kiso a Hida, pre Ósaku a jej okolie Jodo. Mnohé rieky vytvárajú na prudkom hornom toku úchvatné kaskády. Zaujímavé je splavovanie perejí riek Kiso, Hozu, Fudži a Tenrjú alebo Kuma.
Vulkanickou a tektonickou činnosťou vyniklo v Japonsku mnoho jazier. Je ich vyše 6 000. Najväčšie je Biwa, ktorá sa rozprestiera naďaleko Kjóta a vypĺňa priehlbinu tektonického pôvodu. Má rozlohu asi 700 km2. Svojou krásou sú známe jazerá Akan, Mašú a Šikocu na Hokkaide, ktorých vody vypĺňajú vulkanické krátery. Jazero Mašú ja pozoruhodné tým, že patrí k najčistejším na svete a priehľadnosť jeho vôd siaha až do hĺbky 41,6 m, čo je svetový rekord. Známe sú aj horské jazerá Towada a Tazawa na severe Honšú. Tazawa je najhlbším jazerom Japonska s hĺbkou 425 m. Na úpätí hory Fudži vyniklo zahataním riečnych údolí lávou päť jazier, z ktorých najkrajšie sú Jamanaka a Kawaguči. Rovnako vzniklo aj čarovné jazero Čúzendži v jednej z najnavštevovanejších turistických oblastí Nikkó. Je najvyššie položeným jazerom v Japonsku ( 1 271 m n. m. ). Okrem prekrásneho prírodného jazera, situovaného uprostred zelených hôr, sa v tejto oblasti, ktorá je súčasťou národného parku, nachádza aj známy vodopád Kegron a v okolí vyviera niekoľko horúcich prameňov s liečivými účinkami.
Flóra a fauna

J
aponské ostrovy sa vyznačujú neobyčajne bohatou flórou a faunou. So svojou takmer tritisíckilometrovou dĺžkou patria ostrovy do niekoľkých zemepisných pásiem. Hornatú krajinu pokrívajú z vyše 70 % husté a ťažko preniknuteľné lesy. Hranicu medzi dvoma hlavnými vegetačnými pásmami – miernym a subtropickým – tvorí 37. rovnobežka. Severný rastlinný pás pripomína svojím charakterom európsku flóru. Okrem tradičných ihličnatých a listnatých lesov sa v severnom pásme, najmä na Hokkaide, rozprestierajú aj dubové a bukové lesy.