Z podzemných krasových javov je najznámejšia jaskyňa Aksamitka - najväčší a najvýznamnejší predstaviteľ jaskýň v štruktúre krasu bradlového pásma.
Územie je lesnaté so zachovalými jedľovo - bukovými porastami a pôvodnými borinami na skalách.
V druhovo bohatej flóre sa uplatňujú teplomilné i vysokohorské prvky s výskytom endemitov. K pieninským endemitom patrí králik Zawadského, nevädza Triumfettova pieninská, kurička štetinatá pieninská. Známy je výskyt vzácneho glaciálneho reliktu pieninskej flóry, borievky netatovej.
Pre Pieniny je zo zoogeografického hľadiska zaujímavý stret areálov druhov chladnomilných a teplomilných, ako aj alpskokarpatských a západokarpatských s východokarpatskými.
Z obdobia postglaciálnej klímy sa ako relikty z vtákov zachovali pôtik kapcavý a tesár čierny. Z ďalších vzácnejších druhov tu hniezdi včelár obyčajný, výr skalný, kuvičok vrabčí, jariabok hôrny, skaliar pestrý a iné.
Stabilnou je populácia rysa, mačky divej a vydry.
Pieninský národný park nadväzuje na poľský Pieninski Park Narodowy.
PIENAP sa rozprestiera v tieni Tatier uprostred Magurských lesov. Na jeho ploche sa nachádza niekoľko vápencových vrchov, hlbokých tiesňav a dravý tok rieky Dunajec. Najvyšším vrcholom Pienin je Holica /824m/. Najvyšším vrchom parku je Repisko /1259m/. Za svoj jedinečný a výzorovo príťažlivý reliéf s bohatou a pestrou faunou i flórou Pieniny vďačia rôznym klimatickým procesom, hlavne eróznej činnosti vody. Za stáročia tu vznikla hustá sieť dolín, chrbtov a krasových javov. Dravý tok rieky Dunajec sa hlboko zarezal do vápencových skál a vytvoril malebnú tiesňavu. Na území sa nachádzajú minerálne pramene s liečivými účinkami, vďaka ktorým vznikli na území početné kúpele.