Táto rôznorodosť ekonomickej základne sa udržiava aj v súčasnosti, v rámci dynamicky prebiehajúcich zmien v súvislostis prechodom na trhovú ekonomiku.Výrazne sa mení vlastnícka štruktúra spojená so vznikom podnikateľ. subjektov trhu a to transformáciou družstevných a štátnych podnikov alebo (tabuľka z*) zakladaním malých a stred. podnikov. Pre toto prechodné obdobie je príznačná aj pestrá organizačná štruktúra podľa právnych noriem. K začiatku samostatnej SR bolo na území mesta evidovaných 9 verejných obchodných spoločností, 272 spoločností s ručením obmedzeným, 35 akciových spoločnostía 25družstiev. Priemysel: V súčasnosti je priemysel naďalej jednou z dominantných funkcií mesta. Tu lokalizované priemyselné jednotky predstavujú jadro priemyselného potencionálnu okresu, aj keď v súčasnosti nie sú ich kapacity naplno vyžívané. Pestrá odvetvová štruktúra bola podmienená širokou paletou lokalizačných
faktorov. Keďže v meste nie je výrazná surovinová základňa s výnimkou ložísk kuchynskej soli a tehliarskych surovín, ani energetická základňa, lokalizácii priemyslu sa uplatnili najmä tieto faktory: početnosť a kvalifikácia pracovnej sily, výhodná geografická poloha, aglomeračné efekty, miestna spotreba. Základná charakteristika vybraných (najvýznamnejších) prešovských podnikov :
ZPA Dukla Prešov š.p. : pozostáva z dvoch miestne oddelených závodov– 1, závod01 sa nachádza na Budovateľskej ulici v južnej priemyselnej zóne mesta a má cca. 2000. 2, závod02 sa nachádza na Solivarskej ulici a zamestnáva cca. 1000 pracujúcich. Zatiaľ, čo prvý závod má vo svojom výrobnom programe prvky meracej techniky, regulačnej a automatizačnej techniky, riadiacich systémov, závod
druhý je známy predovšetkým výrobou zariadení výpočtovej techniky a zariadení s ekologickým zameraním. OZKN Prešov š.p. : je hlavným nástupcom konfekčnej výroby, ktorá má v meste vysokú tradíciu. Závod sa nachádza na Masarykovej ulici a zamestnáva cca. 1300 pracovníkov. ZVL Bearnings Prešov a.s. : sa nachádza na Petrovanskej ulici v južnom priemyselnom areáli mesta. Zamestnáva cca. 900 pracovníkov a základom jeho činnosti je obchodovanie + výroba valivých ložísk,
ale aj výroba jednoúčelových strojov, nástrojov a komponentov. VAP Prešov a.s. : Pod skratkou výroba automobilového príslušenstva sa skrýva závod sídliaci na
Jilemnického ulici a vo svojej činnosti nadväzuje na výrobu autopríslušenstva v závode Autobrzdy. V závode nachádza zamestnanie v súčasnosti cca. 900 pracujúcich. VUKOV Prešov a.s. : leží v obytnej zóne Sídliska III a sídliska Mladosť na Volgogradskej ulici, mimo priemyselných zón mesta.