Najpravdepodobnejšia hypotéza pre antigénny skok u vírusu chrípky typu A je rekombinácia medzi ľudskými a zvieracím kmeňmi chrípkových vírusov v spoločnom zvieracom hostiteľovi. Rezervoárom vírusov chrípky je pravdepodobne vodná hydina (najmä kačice). Hostiteľom môžu byť ošípané, hrabavá hydina, prípadne kone. V ich organizme dochádza k zmiešanej infekcii ľudským i zvieracím vírusom chrípky, k ich rekombinácii a ku vzniku nového subtypu. Ojedinelo môže prísť k prenosu zvieracích vírusov aj na človeka. Napríklad v roku 1997 došlo v Hong Kongu k infekcii 18 osôb „kuracím vírusom“ H5N1. K vzniku pandémie však neprišlo, pretože nebola splnená základná podmienka prenosu vírusu z človeka na človeka. K tomuto prenosu dochádza iba vtedy, ak génom daného vírusu obsahuje aj časť genómu ľudského vírusu. Rýchlou likvidáciou napadnutých chovov hydiny sa zabránilo rekombinácii génov vírusov.
Vírus chrípky B je oveľa stabilnejší. U kmeňov typu B vznikajú len antigénne variácie, ktoré nie sú také výrazné ako u typu A. K antigénnemu skoku (shiftu) nedochádza. Typ B vyvoláva skôr sporadické, miernejšie prebiehajúce ochorenia, prípadne epidémie menšieho rozsahu, ktoré obvykle naväzujú na epidémie vyvolané typom A.

U typu C sa zatiaľ nepodarilo zmeny dokázať. Tento typ nemá neuraminidázu a nemá väčší zdravotný význam, spôsobuje ľahké alebo len bezpríznakové infekcie.
Imunita voči antigénom H a N, najmä voči hemaglutinínu - znižuje pravdepodobnosť získania infekcie a znižuje závažnosť ochorenia, ak už k infekcii dôjde. Vakcinácia jedným kmeňom zabezpečuje čiastočne odolnosť aj voči antigénne príbuzným kmeňom. Ak dôjde k antigénovému „driftu“ v rámci jedného subtypu, infekcia, resp. vakcinácia jedným kmeňom nenavodí imunitu voči antigénne vzdialenejším kmeňom toho istého subtypu. Antigénna charakteristika kmeňov cirkulujúcich v populácii je základom pre výber vhodných kmeňov, ktoré každoročne tvoria zloženie vakcíny.
Pretože ľudia voči novým variantom, resp. novým subtypom chrípkových vírusov nie sú imúnni vôbec, alebo sú imúnni len čiastočne, môžu ochorieť každoročne. Rozsah výskytu ochorení a veľkosť epidémií sú úmerné stupňu odlišnosti aktuálne cirkulujúceho vírusu od pôvodného vírusu, ktorý cirkuloval medzi ľuďmi v predchádzajúcej sezóne. Ďalším faktorom, ktorý popri premenlivosti vírusu a ľahkosti jeho šírenia spolupôsobí pri vzniku epidémií chrípky, je imunita po prekonaní ochorenia. Na rozdiel od iných infekcií prekonanie chrípky zabezpečí len krátkodobú imunitu.

Diagnostika chrípky
Chrípka sa vyznačuje širokým spektrom klinických príznakov. Na základe klinického priebehu, najmä mimo epidémií, nemožno chrípku odlíšiť od iných akútnych respiračných ochorení. Preto sa jej výskyt a rozloženie sleduje spoločne s týmito ochoreniami. Diagnózu chrípky možno potvrdiť len laboratórnym vyšetrením - izoláciou vírusu na kuracích zárodkoch a bunkových kultúrach, priamym dôkazom vírusu, resp. jeho antigénov alebo dôkazom tvorby protilátok proti vírusu chrípky v krvnom sére chorého. Izolácia vírusu na kuracích embryách je časovo, finančne i odborne náročná. Je však veľmi dôležitá z hľadiska sledovania antigénnych vlastností cirkulujúcich vírusov v populácii a určenia zloženia očkovacej látky. Vyžaduje úzku spoluprácu klinika, epidemiológa a virológa. Jej nevýhodou je nízky záchyt vírusov. V posledných rokoch sa v diferenciálnej diagnostike uplatňujú rýchle diagnostické metódy, ktoré poskytnú výsledok už za niekoľko hodín po odbere materiálu. Ide o dôkaz vírusu, nie jeho izoláciu.