Na systém asi 500 molekúl chlorofylu, ktoré majú funkciu zberačov energie, pripadá jedna molekula aktívneho chlorofylu vo forme rozličných komplexov s bielkovinami, ktorá je schopná pohltiť, absorbovať fotón.
Fotosystém II uskutočňuje 2. svetelnú reakciu, je zodpovedný za fotolýzu vody. V systéme sa uplatňujú rozličné komplexy chlorofylov, ktoré sa aktivujú fotónmi s kratšou vlnovou dĺžkou. Aktívny chlorofyl je chlorofyl a so schopnosťou absorbovať elektróny s maximálnou vlnovou dĺžkou.