Rutherford sa bál myšlienky, že spravil niečo, čo by len vzdialene mohlo súvisieť s diskreditovaným umením alchýmie. Nechcel súhlasiť s tým, aby sa jeho výsledky nazývali transmutáciou, ako by to malo vrhať pochybnosti na vedecký charakter jeho práce. Čo však v skutočnosti ukázal, nebolo nič iné, ako realita transmutácie. Jeho pokusy odhalily, že prinajmenšom sa v niektorých prípadoch jeden chemický prvok nejakým spôsobom môže vytvoriť z iného, pričom sa v rámci tohoto uvolňuje energia. Neznamenalo to síce len splnenie sna každého alchymistu o výrobe zlata zo základného kovu, pozitívne sa sa tým potvrdilo, že je možné aby sa jeden chemický prvok premenil na iný, ale aj to že sa tento jav vyskytuje aj v prírode. Čo sa týka kozmológie, pokiaľ by sa ukázalo, že proces transmutácie sa vzťahuje na všetky chemické prvky a že všetko začalo veľkým treskom, potom by sa teoreticky čokoľvek, čo teda vzniklo, mohlo premeniť na čokoľvek iného. Bezprostredným Rutherfordovým zámerom však nebolo dokázať, že proces, ktorý odhalil pri skúmaní radioaktívnych prvkov, sa vzťahuje ne všetky chemické prvky. Jeho prvoradým cieľom bolo zistiť, aké deje prebiehajú vo vnútri atómu, ktoré umožnujú aby sa proces zmeny mohol uskutočniť. Anatómia atómu:

Počiatkom dvadsiateho storočia bol už vykonaný dosť veľký kus práce na porozumenie pravdepodobnej štruktúry atómu a boli identifikované jeho rôzne zložky. Britský fyzik J.J.Thomson napríklad objavil elektrón. Až do doby Thomsonových pokusov bola elektrina známa ako tok energie, ktorý sa mohol indukovať vo vhodnom elektrickom vodiči buď chemickým spôsobom (ako sú napríklad autobatérie, čo sa používajú dodnes), alebo fyzikálnym spôsobom (pohybovaním vodiča v magnetickom poli). Taktiež bolo známe, že elektrický prúd sa vo vodiči môže pohybovať obidvoma smermi a že presne tak ako póly magnetu, budú sa vodiče s elektrickou energiou prúdiacou v opačných smeroch navzájom priťahovať a vodiče s elektrickou enrgiou prúdiacou tým istým smerom odpudzovať. Takže myšlienka kladného a záporného elektrického náboja predstavujúceho dva protichodné smery už bola dobre známa a vžita. Nikto však nevedel veľa o tom, čo vlastne tok elektrickej energie obsahuje.

J.J.Thomson objavil, že tok elektrickej energie pozostáva z častíc, ktoré sa dajú sledovať, keď sa nechá elektrická energia prúdiť z jedného konca špeciálne zostrojenej trubice k druhému. Trubica bola známa pod názvom katódová trubica. Pôvodný zámerom bolo zostaviť vákuovú trubicu, ale v skutočnosti v nej zostávalo určité množstvo plynu. Trubica bola uchytená medzi dve kovové doštičky, ktorým mohol byť dodaný elektrický náboj: jeden kladný a druhý záporný. To umožnilo, aby sa elektrická energia pohybovala od jedného konca trubice k druhému bez toho, aby boli tieto dva konce trubice spojené vodičom. Tak mohol Thomson pozorovať, čo sa nachádzalo "vo vnútri" elektrickej energie bez maskovania fyzikálnou štruktúrou vodičov. Z dôvodov, ktoré spočiatku neboli chápané, prítomnosť plynu spôsobila, že sa v trubici vytváralo svetlo.